Towards Reliable Autofocusing in Automated Microscopy

BRÁZDILOVÁ, Silvie Luisa. Towards Reliable Autofocusing in Automated Microscopy. In Proceedings of the 4th International Conference on Informatics in Control, Automation and Robotics. Portugal: Insticc Press, 2007, p. 440-448, 8 pp. ISBN 978-972-8865-82-5.

Basic information

• Original name: Towards Reliable Autofocusing in Automated Microscopy
• Name in Czech: Spolehlivé zaostřování v automatizované mikroskopii
• Authors: BRÁZDILOVÁ, Silvie Luisa (203 Czech Republic, guarantor).
• Edition: Portugal, Proceedings of the 4th International Conference on Informatics in Control, Automation and Robotics, p. 440-448, 8 pp. 2007.
• Publisher: Insticc Press

Other information

• Original language: English
• Type of outcome: Proceedings paper
• Field of Study: 10201 Computer sciences, information science, bioinformatics
• Country of publisher: France
• Confidentiality degree: is not subject to a state or trade secret
• RIV identification code: RIV/00216224:14330/07:00022191
• Organization unit: Faculty of Informatics
• ISBN: 978-972-8865-82-5
• UT WoS: 000252639500066
• Keywords in English: Fluorescence microscopy; focus function; genetic programming
• Tags: fluorescence microscopy, focus function, genetic programming
• Tags: International impact, Reviewed

Abstract

The results presented in this paper are twofold. First, autofocusing in automated microscopy is studied and evaluated with respect to biomedical samples whose images can have more than one in-focus planes. While the proposed procedure for finding the maximum of a focus function in a short time works satisfactorily, the focus function itself is identified as the weakest link of the whole process. Second, an interesting property of functions used for genetic programming, and an algorithm for generating new individuals are introduced. Their usefulness and applicability are demonstrated on the problem of finding a new focus function for automated autofocusing in microscopy.

Abstract (in Czech)

Tento článek prezentuje dvojí výsledek. Prvně je provedena studie a vyhodnocení automatického zaostřování v automatické mikroskopii s ohledem na biomedicínské vzorky, jejichž ostřicí funkce může mít více než jednu rovinu ostrosti. Zatímco nově navržený algoritmus pro nalezení maxima ostřicí funkce v krátkém čase dává uspokojivé výsledky, samotná ostřicí funkce je identifikována jakožto nejslabší článek celého procesu. Dále je prezentována zajímavá vlastnost funkcí použitých pro genetické programování spolu s algoritmem pro generování nových jedinců. Jejich užitečnost a použitelnost jsou předvedeny na problému nalezhení nové ostřicí funkce pro automatické zaostřování v mikroskopii.

Links

• LC535, research and development project: Name: Dynamika a organizace chromosomů během buněčného cyklu v normě a patologii

Investor: Ministry of Education, Youth and Sports of the CR, Dynamika a organizace chromosomů během buněčného cyklu v normě a patologii

• MSM0021622419, plan (intention): Name: Vysoce paralelní a distribuované výpočetní systémy

Investor: Ministry of Education, Youth and Sports of the CR, Highly Parallel and Distributed Computing Systems

• 2B06052, research and development project: Name: Vytipování markerů, screening a časná diagnostika nádorových onemocnění pomocí vysoce automatizovaného zpracování multidimenzionálních biomedicínských obrazů (Acronym: Biomarker)

Investor: Ministry of Education, Youth and Sports of the CR, Determination of markers, screening and early diagnostics of cancer diseases using highly automated processing of multidimensional biomedical images