Kompletní genomová sekvenace kmene Treponema pallidum subsp. pertenue Samoa D: srovnání pyrosekvencování a komparativní genomové sekvenace

ZOBANÍKOVÁ, Marie, Petra MATĚJKOVÁ, Michal STROUHAL a David ŠMAJS. Kompletní genomová sekvenace kmene Treponema pallidum subsp. pertenue Samoa D: srovnání pyrosekvencování a komparativní genomové sekvenace. Online. In Sborník abstraktů Tomáškovy dny 2007. 2007, [citováno 2024-04-23]

Základní údaje

• Originální název: Kompletní genomová sekvenace kmene Treponema pallidum subsp. pertenue Samoa D: srovnání pyrosekvencování a komparativní genomové sekvenace
• Název česky: Kompletní genomová sekvenace kmene Treponema pallidum subsp. pertenue Samoa D: srovnání pyrosekvencování a komparativní genomové sekvenace
• Název anglicky: Whole genome sequencing of Treponema pallidum subspecies pertenue Samoa D: comparison of pyrosequencing and comparative genome sequencing
• Autoři: ZOBANÍKOVÁ, Marie (203 Česká republika), Petra MATĚJKOVÁ (203 Česká republika), Michal STROUHAL (203 Česká republika) a David ŠMAJS (203 Česká republika, garant)
• Vydání: Sborník abstraktů Tomáškovy dny 2007, 2007.

Další údaje

• Originální jazyk: čeština
• Typ výsledku: Konferenční abstrakt
• Obor: Genetika a molekulární biologie
• Stát vydavatele: Česká republika
• Utajení: není předmětem státního či obchodního tajemství
• Kód RIV: RIV/00216224:14110/07:00019063
• Organizační jednotka: Lékařská fakulta
• Klíčová slova anglicky: Treponema pallidum; pyrosequencing; comparative genome sequencing
• Štítky: comparative genome sequencing, pyrosequencing, Treponema pallidum

Anotace

Původce tropického kožního onemocnění yaws, Treponema pallidum ssp. pertenue, je na úrovni DNA blízce příbuzná kmeni Treponema pallidum ssp. pallidum Nichols. Sekvenace genomu Treponema pallidum ssp. pertenue Samoa D byla provedena metodou komparativní genomové sekvenace (CGS) a pyrosekvencováním (454 Life Sciences). Metoda CGS umožňuje sekvenaci blízce příbuzných mikrobiálních genomů na základě znalosti referenčního genomu (genom syfilitického kmene Nichols). Pyrosekvencování je metoda umožňující de novo sekvenaci celého mikrobiálního genomu. Touto metodou bylo získáno celkem 29 výsledných kontigů s 29 mezerami (1-3344 bp). Sekvence získané CGS a pyrosekvencováním byly porovnány pomocí softwaru Lasergene a bylo odhaleno 512 odlišností převážně charakteru jednonukleotidových polymorfismů (tedy jednonukleotidových substitucí SNP, jednonukleotidových delecí nebo inzercí). Sekvence v těchto oblastech bylo navrženo ověřit pomocí sekvenace 345 individuálních PCR produktů.

Anotace anglicky

Treponema pallidum ssp. pertenue, the causative agent of tropical dermal disease yaws, is at the DNA level closely related to Treponema pallidum ssp. pallidum strain Nichols. For genome sequencing of Treponema pallidum ssp. pertenue Samoa D, comparative genome sequencing (CGS) and pyrosequencing (454 Life Sciences) were used. The CGS method is used for sequencing of closely related microbial genomes based on the sequence of the reference genome (Nichols genome).

Návaznosti

• GA310/07/0321, projekt VaV: Název: Komparativní genomové sekvencování patogenních treponem a transkriptomová analýza T. pallidum ssp. pallidum

Investor: Grantová agentura ČR, Komparativní genomové sekvencování patogenních treponem a transkriptomová analýza T. pallidum ssp. pallidum

• MSM0021622415, záměr: Název: Molekulární podstata buněčných a tkáňových regulací

Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Molekulární podstata buněčných a tkáňových regulací

• NR8967, projekt VaV: Název: Molekulární typizace kmenů a izolátů Treponema pallidum subsp. pallidum: základ pro epidemiologickou a klinickou identifikaci jednotlivých kmenů

Investor: Ministerstvo zdravotnictví ČR, Molekulární typizace kmenů a izolátů Treponema pallidum subsp. Pallidum: základ pro epidemiologickou a klinickou identifikaci jednotlivých kmenů