ZOBANÍKOVÁ, Marie, Petra MATĚJKOVÁ, Michal STROUHAL and David ŠMAJS. Kompletní genomová sekvenace kmene Treponema pallidum subsp. pertenue Samoa D: srovnání pyrosekvencování a komparativní genomové sekvenace (Whole genome sequencing of Treponema pallidum subspecies pertenue Samoa D: comparison of pyrosequencing and comparative genome sequencing). In Sborník abstraktů Tomáškovy dny 2007. 2007.
Other formats:   BibTeX LaTeX RIS
Basic information
Original name Kompletní genomová sekvenace kmene Treponema pallidum subsp. pertenue Samoa D: srovnání pyrosekvencování a komparativní genomové sekvenace
Name in Czech Kompletní genomová sekvenace kmene Treponema pallidum subsp. pertenue Samoa D: srovnání pyrosekvencování a komparativní genomové sekvenace
Name (in English) Whole genome sequencing of Treponema pallidum subspecies pertenue Samoa D: comparison of pyrosequencing and comparative genome sequencing
Authors ZOBANÍKOVÁ, Marie (203 Czech Republic), Petra MATĚJKOVÁ (203 Czech Republic), Michal STROUHAL (203 Czech Republic) and David ŠMAJS (203 Czech Republic, guarantor).
Edition Sborník abstraktů Tomáškovy dny 2007, 2007.
Other information
Original language Czech
Type of outcome Conference abstract
Field of Study Genetics and molecular biology
Country of publisher Czech Republic
Confidentiality degree is not subject to a state or trade secret
RIV identification code RIV/00216224:14110/07:00019063
Organization unit Faculty of Medicine
Keywords in English Treponema pallidum; pyrosequencing; comparative genome sequencing
Tags comparative genome sequencing, pyrosequencing, Treponema pallidum
Changed by Changed by: Mgr. Marie Zobaníková, Ph.D., učo 177725. Changed: 7/4/2010 16:36.
Abstract
Původce tropického kožního onemocnění yaws, Treponema pallidum ssp. pertenue, je na úrovni DNA blízce příbuzná kmeni Treponema pallidum ssp. pallidum Nichols. Sekvenace genomu Treponema pallidum ssp. pertenue Samoa D byla provedena metodou komparativní genomové sekvenace (CGS) a pyrosekvencováním (454 Life Sciences). Metoda CGS umožňuje sekvenaci blízce příbuzných mikrobiálních genomů na základě znalosti referenčního genomu (genom syfilitického kmene Nichols). Pyrosekvencování je metoda umožňující de novo sekvenaci celého mikrobiálního genomu. Touto metodou bylo získáno celkem 29 výsledných kontigů s 29 mezerami (1-3344 bp). Sekvence získané CGS a pyrosekvencováním byly porovnány pomocí softwaru Lasergene a bylo odhaleno 512 odlišností převážně charakteru jednonukleotidových polymorfismů (tedy jednonukleotidových substitucí SNP, jednonukleotidových delecí nebo inzercí). Sekvence v těchto oblastech bylo navrženo ověřit pomocí sekvenace 345 individuálních PCR produktů.
Abstract (in English)
Treponema pallidum ssp. pertenue, the causative agent of tropical dermal disease yaws, is at the DNA level closely related to Treponema pallidum ssp. pallidum strain Nichols. For genome sequencing of Treponema pallidum ssp. pertenue Samoa D, comparative genome sequencing (CGS) and pyrosequencing (454 Life Sciences) were used. The CGS method is used for sequencing of closely related microbial genomes based on the sequence of the reference genome (Nichols genome).
Links
GA310/07/0321, research and development projectName: Komparativní genomové sekvencování patogenních treponem a transkriptomová analýza T. pallidum ssp. pallidum
Investor: Czech Science Foundation, Standard Projects
MSM0021622415, plan (intention)Name: Molekulární podstata buněčných a tkáňových regulací
Investor: Ministry of Education, Youth and Sports of the CR, Research Intents
NR8967, research and development projectName: Molekulární typizace kmenů a izolátů Treponema pallidum subsp. pallidum: základ pro epidemiologickou a klinickou identifikaci jednotlivých kmenů
Investor: Ministry of Health of the CR, Ministry of Agriculture R&D Programme
PrintDisplayed: 10/4/2020 08:48