Rod Treponema zahrnuje několik patogenních spirochet: T. pallidum ssp. pallidum (TPA) je původcem sexuálně přenosného onemocnění syfilis, T. pallidum ssp. pertenue (TPE) vyvolává endemické nevenerální treponemální infekce a T. paraluiscuniculi (TPAR) způsobuje venerickou spirochetózu králíků a není patogenní pro člověka. V této studii byly porovnány genomy blízce příbuzných treponemálních kmenů Nichols (TPA), SS14 (TPA), Samoa D (TPE) a Cuniculi A (TPAR) pomocí metody whole genome fingerprinting (WGF) a komparativního genomového sekvenování (CGS). U WGF byly genomy studovaných kmenů rozděleny do 97 překrývajících se intervalů, tyto intervaly byly amplifikovány a štěpeny restrikčními enzymy BamH I, EcoR I a Hind III. Jednotlivé restrikční profily byly použity k identifikaci heterologních oblastí. CGS byla založená na hybridizaci testované genomové DNA kmenů SS14, Samoa D a Cuniculi A k referenční genomové DNA kmene Nichols na oligonukleotidovém čipu. Byly získány kompletní nukleotidové sekvence kmenů SS14 (TPA) a Samoa D (TPE). Sekvenční rozdíly mezi genomy blízce příbuzných treponem zjištěné metodami WGF a CGS byly použity pro definování poddruhové variability T. pallidum a vytipování kandidátních úseků pro screening klinických izolátů.