Další formáty:
BibTeX
LaTeX
RIS
@proceedings{720100, author = {Zobaníková, Marie and Šmajs, David}, booktitle = {51. Studentská vědecká konference. Program a abstrakta.}, keywords = {CGS; pyrosequencing; Treponema pallidum subspecies pertenue Samoa D}, language = {cze}, title = {Srovnání komparativní genomové sekvenace a pyrosekvenace u Treponema pallidum subspecies pertenue Samoa D}, year = {2007} }
TY - CONF ID - 720100 AU - Zobaníková, Marie - Šmajs, David PY - 2007 TI - Srovnání komparativní genomové sekvenace a pyrosekvenace u Treponema pallidum subspecies pertenue Samoa D KW - CGS KW - pyrosequencing KW - Treponema pallidum subspecies pertenue Samoa D N2 - Cíl: Srovnat komparativní genomovou sekvenaci (CGS) a pyrosekvenaci a určit správnou sekvenci genomu Treponema pallidum ssp. pallidum Samoa D. Materiál a metody: Metoda CGS umožňuje sekvenaci blízce příbuzných mikrobiálních genomů s využitím znalosti referenčního genomu. Pyrosekvencování je metoda umožňující sekvenaci celého mikrobiálního genomu de novo i z malého množství DNA bez nutnosti konstrukce genomové knihovny. Pyrosekvencování využívá luminiscenční detekce bisfosfátu uvolněného při prodlužování replikovaného řetězce inkorporací nukleotidů polymerázou. Mezi sekvencemi z CGS a pyrosekvencování bylo odhaleno 512 odlišností, a to převážně jednonukleotidových. Ty byly rozděleny do 345 oblastí, které byly navrženy pro amplifikaci PCR a enzymatickou sekvenaci. Z výsledků srovnání vyplývá, že CGS chybuje asi 1,2x častěji než pyrosekvencování. Na chybách způsobených pyrosekvencováním se nejvíce podílí delece a inzerce (indely) a to celkem z 92,3 %. ER -
ZOBANÍKOVÁ, Marie a David ŠMAJS. Srovnání komparativní genomové sekvenace a pyrosekvenace u Treponema pallidum subspecies pertenue Samoa D. In \textit{51. Studentská vědecká konference. Program a abstrakta.}. 2007.
|