Other formats:
BibTeX
LaTeX
RIS
@proceedings{720100,
author = {Zobaníková, Marie and Šmajs, David},
booktitle = {51. Studentská vědecká konference. Program a abstrakta.},
keywords = {CGS; pyrosequencing; Treponema pallidum subspecies pertenue Samoa D},
language = {cze},
title = {Srovnání komparativní genomové sekvenace a pyrosekvenace u Treponema pallidum subspecies pertenue Samoa D},
year = {2007}
}
TY - CONF
ID - 720100
AU - Zobaníková, Marie - Šmajs, David
PY - 2007
TI - Srovnání komparativní genomové sekvenace a pyrosekvenace u Treponema pallidum subspecies pertenue Samoa D
KW - CGS
KW - pyrosequencing
KW - Treponema pallidum subspecies pertenue Samoa D
N2 - Cíl: Srovnat komparativní genomovou sekvenaci (CGS) a pyrosekvenaci a určit správnou sekvenci genomu Treponema pallidum ssp. pallidum Samoa D. Materiál a metody: Metoda CGS umožňuje sekvenaci blízce příbuzných mikrobiálních genomů s využitím znalosti referenčního genomu. Pyrosekvencování je metoda umožňující sekvenaci celého mikrobiálního genomu de novo i z malého množství DNA bez nutnosti konstrukce genomové knihovny. Pyrosekvencování využívá luminiscenční detekce bisfosfátu uvolněného při prodlužování replikovaného řetězce inkorporací nukleotidů polymerázou. Mezi sekvencemi z CGS a pyrosekvencování bylo odhaleno 512 odlišností, a to převážně jednonukleotidových. Ty byly rozděleny do 345 oblastí, které byly navrženy pro amplifikaci PCR a enzymatickou sekvenaci. Z výsledků srovnání vyplývá, že CGS chybuje asi 1,2x častěji než pyrosekvencování. Na chybách způsobených pyrosekvencováním se nejvíce podílí delece a inzerce (indely) a to celkem z 92,3 %.
ER -
ZOBANÍKOVÁ, Marie and David ŠMAJS. Srovnání komparativní genomové sekvenace a pyrosekvenace u Treponema pallidum subspecies pertenue Samoa D (CGS and pyrosequencing of Treponema pallidum subspecies pertenue Samoa D). In \textit{51. Studentská vědecká konference. Program a abstrakta.}. 2007.
|
