SVOBODA, David, Marek KAŠÍK, Martin MAŠKA, Jan HUBENÝ, Stanislav STEJSKAL and Michal ZIMMERMANN. On Simulating 3D Fluorescent Microscope Images. In Computer Analysis of Images and Patterns. Berlin, Heidelberg: Springer-Verlag, 2007, p. 309-316. ISBN 978-3-540-74271-5.
Other formats:   BibTeX LaTeX RIS
Basic information
Original name On Simulating 3D Fluorescent Microscope Images
Name in Czech Simulace 3D fluorescenčních mikroskopických obrazových dat
Authors SVOBODA, David (203 Czech Republic, guarantor), Marek KAŠÍK (203 Czech Republic), Martin MAŠKA (203 Czech Republic), Jan HUBENÝ (203 Czech Republic), Stanislav STEJSKAL (203 Czech Republic) and Michal ZIMMERMANN (203 Czech Republic).
Edition Berlin, Heidelberg, Computer Analysis of Images and Patterns, p. 309-316, 8 pp. 2007.
Publisher Springer-Verlag
Other information
Original language English
Type of outcome Proceedings paper
Field of Study 20200 2.2 Electrical engineering, Electronic engineering, Information engineering
Country of publisher Austria
Confidentiality degree is not subject to a state or trade secret
WWW URL
RIV identification code RIV/00216224:14330/07:00022493
Organization unit Faculty of Informatics
ISBN 978-3-540-74271-5
UT WoS 000249585600039
Keywords in English synthetic image; simulator; procedural texture; convolution; fluorescent optical microscope
Tags convolution, fluorescent optical microscope, procedural texture, simulator, synthetic image
Tags International impact, Reviewed
Changed by Changed by: doc. RNDr. David Svoboda, Ph.D., učo 2824. Changed: 22/5/2009 16:06.
Abstract
In recent years many various biomedical image segmentation methods have appeared. Though typically presented to be successful the majority of them was not properly tested against ground truth images. The obvious way of testing the quality of new segmentation was based on visual inspection by a specialist in the given field. The novel 3D biomedical image data simulator is presented in this paper. It offers the results of high quality. The evaluation of generated synthetic data is compared against real image data using standard similarity techniques.
Abstract (in Czech)
V posledních letech se objevila celá řada různých segmentačních technik vhodných pro biomedicínská obrazová data. Ačkoliv většina z těchto technik byla označována jako úspešných, jen málo jich bylo řádně testováno porovnáním výsledků s tzv. referečními daty. Většina z nich byla ověřena pouhým optickým porovnáním. V tomto článku je prezentován 3D simulátor schopný generovat syntetická data podobná těm, která jsou produkována při fluorescenční mikroskopii. Druhým neméně důležitým výstupem tohoto simulátoru jsou rovněž odpovídající referenční data vhodná právě k testování kvality libovolných segmentačních technik.
Links
LC535, research and development projectName: Dynamika a organizace chromosomů během buněčného cyklu v normě a patologii
Investor: Ministry of Education, Youth and Sports of the CR, Dynamika a organizace chromosomů během buněčného cyklu v normě a patologii
2B06052, research and development projectName: Vytipování markerů, screening a časná diagnostika nádorových onemocnění pomocí vysoce automatizovaného zpracování multidimenzionálních biomedicínských obrazů (Acronym: Biomarker)
Investor: Ministry of Education, Youth and Sports of the CR, Determination of markers, screening and early diagnostics of cancer diseases using highly automated processing of multidimensional biomedical images
PrintDisplayed: 27/5/2024 19:45