Využití metody ARDRA pro druhovou identifikaci nových kmenů bakterií rodu Bifidobacterium

KŠICOVÁ, Kateřina, Alena ŠPANOVÁ and Bohuslav RITTICH. Využití metody ARDRA pro druhovou identifikaci nových kmenů bakterií rodu Bifidobacterium (The use of ARDRA method for specific identification of new Bifidobacterium strains). In XI. Setkání biochemiků a molekulárních biologů. Brno: Masarykova univerzita, 2007, p. 64-65. ISBN 978-80-210-4234-6.

Basic information

Original name

Využití metody ARDRA pro druhovou identifikaci nových kmenů bakterií rodu Bifidobacterium

Name (in English)

The use of ARDRA method for specific identification of new Bifidobacterium strains

Authors

KŠICOVÁ, Kateřina (203 Czech Republic, guarantor), Alena ŠPANOVÁ (203 Czech Republic) and Bohuslav RITTICH (203 Czech Republic)

Edition

Brno, XI. Setkání biochemiků a molekulárních biologů, p. 64-65, 2 pp. 2007

Publisher

Masarykova univerzita

---

Other information

Language

Czech

Type of outcome

Stať ve sborníku

Field of Study

Genetics and molecular biology

Country of publisher

Czech Republic

Confidentiality degree

není předmětem státního či obchodního tajemství

RIV identification code

RIV/00216224:14310/07:00022495

Organization unit

Faculty of Science

ISBN

978-80-210-4234-6

Keywords in English

Bifidobacterium; ARDRA; identification

Tags

ARDRA, Bifidobacterium, identification

---

Abstract

V originále

Pomocí ARDRA analýzy identifikovat bakteriální kmeny isolované z humánních zdrojů, které byly rodově specifickou PCR zařazeny do rodu Bifidobacterium a které při použití druhově specifických PCR vykazovaly zkřížené reakce a proto nemohly být zařazeny do druhů. Restrikční analýza amplikonu 914bp pomocí restriktáz AluI a Sau3 AI umožnila odlišení druhů B .adolescentis, B. bifidum, B. breve, B. catenulatum, B. infantis a B. longum. Celkem bylo rozlišeno a zařazeno do druhů deset z jedenácti nově isolovaných kmenů. Lze konstatovat, že ARDRA analýza je rychlá a reprodukovatelná identifikační metoda s vysokým diskriminačním potenciálem na úrovni druhu.

In English

ARDRA analysis was used for the identification of 11 selected bacterial strains isolated from human sources. These strains were identified into the genus Bifidobacterium using genus-specific PCR. However they could not be identified into species using species-specific PCR due to the cross reactions. Analysis of genus specific amplicon of 914 bp using restrictases AluI and Sau3AI enabled the differentiation of species B. adolescentis, B. bifidum, B. breve, B. catenulatum, B. infantis and B. longum. Alltogether 10 strains could be identified into species. In conclusion, ARDRA analysis is a quick and reproducible identification procedure with high discrimination potential for individual species.

---

Links

MSM0021622415, plan (intention)

Name: Molekulární podstata buněčných a tkáňových regulací Investor: Ministry of Education, Youth and Sports of the CR, Molecular basis of cell and tissue regulations

QF3169, research and development project

Name: Využití postupů na bázi molekulární genetiky při získávání nových kmenů baktérií s probiotickými vlastnostmi s cílem rozšíření specifických genetických zdrojů pro výrobu funkčních potravin Investor: Ministry of Agriculture of the CR, The use of procedures on basis of molecular genetics in acquiring of new bacterial strains with probiotic properties with the aim to increase specific genetic sources for production of functional foods