Srovnání pyrosekvenování a komparativní genomové sekvenace u Treponema pallidum subsp. pertenue Samoa D.

ZOBANÍKOVÁ, Marie, Michal STROUHAL, Petra MATĚJKOVÁ, Darina ČEJKOVÁ a David ŠMAJS. Srovnání pyrosekvenování a komparativní genomové sekvenace u Treponema pallidum subsp. pertenue Samoa D. Online. In 24. Kongres Československé společnosti mikrobiologické. Abstrakty. Liberec: Československá společnost mikrobiologická, 2007. s. 155-155. ISSN 0009-0646. [citováno 2024-04-23]

Základní údaje

• Originální název: Srovnání pyrosekvenování a komparativní genomové sekvenace u Treponema pallidum subsp. pertenue Samoa D.
• Název česky: Srovnání pyrosekvenování a komparativní genomové sekvenace u Treponema pallidum subsp. pertenue Samoa D.
• Název anglicky: Comparison of Pyrosequencing and comparative genome sequencing of Treponema pallidum subsp. pertenue Samoa D
• Autoři: ZOBANÍKOVÁ, Marie (203 Česká republika), Michal STROUHAL (203 Česká republika), Petra MATĚJKOVÁ (203 Česká republika), Darina ČEJKOVÁ (203 Česká republika) a David ŠMAJS (203 Česká republika, garant)
• Vydání: Liberec, 24. Kongres Československé společnosti mikrobiologické. Abstrakty. od s. 155-155, 1 s. 2007.
• Nakladatel: Československá společnost mikrobiologická

Další údaje

• Originální jazyk: čeština
• Typ výsledku: Stať ve sborníku
• Obor: Genetika a molekulární biologie
• Stát vydavatele: Česká republika
• Utajení: není předmětem státního či obchodního tajemství
• Kód RIV: RIV/00216224:14110/07:00019096
• Organizační jednotka: Lékařská fakulta
• ISSN: 0009-0646
• Klíčová slova anglicky: Pyrosequencing; comparative genome sequencing; Treponema pallidum subsp. pertenue Samoa D
• Štítky: comparative genome sequencing, pyrosequencing

Anotace

Kmen Samoa D (Treponema pallidum subsp. pertenue), původce onemocnění yaws, je na úrovni sekvence DNA příbuzný syfilitickému kmeni Nichols (Treponema pallidum subsp. pallidum). Metodou DNA fingerprinting byla zjištěna stejná struktura genomů i stejné pořadí genů obou poddruhů, microarray analýza otevřených čtecích rámců odhalila vysokou sekvenční příbuznost jednotlivých genů (> 99 %). Pro odhalení podstaty rozdílů v klinické manifestaci syfilis a yaws je tedy nezbytné určit kompletní nukleotidovou sekvenci T. pallidum subsp. pertenue. Sekvence genomu kmene Samoa D byla získána pomocí komparativní genomové sekvenace (CGS) a pyrosekvenování. CGS bylo získáno 8 kontigů s 8 mezerami o velikosti 15 - 3850 bp. Pyrosekvenováním bylo získáno 29 kontigů s 29 mezerami o velikosti 1 - 3344 bp. Porovnáním CGS a pyrosekvenování bylo odhaleno 512 odlišností, které byly ověřeny sekvenací podle Sangera. Na chybách způsobených pyrosekvenováním se podílí z 93,6 % delece a inzerce (poměr delecí a inzercí je stejný), z 6,4 % substituce, na chybách způsobených CGS se podílejí z 47,5 % substituce, z 35,7 % delece a z 13,3 % inzerce a z 3,5 % kombinované změny. Z výsledků vyplývá, že CGS chybuje 1,3x častěji než pyrosekvenování.Velký podíl na chybách u pyrosekvenování je dán limitací této metody při zpracování signálu z homopolymerních úseků. Chyby u CGS mohou být způsobeny nepřesností referenční sekvence kmene Nichols.

Anotace anglicky

Kmen Samoa D (Treponema pallidum subsp. pertenue), původce onemocnění yaws, je na úrovni sekvence DNA příbuzný syfilitickému kmeni Nichols (Treponema pallidum subsp. pallidum). Metodou DNA fingerprinting byla zjištěna stejná struktura genomů i stejné pořadí genů obou poddruhů, microarray analýza otevřených čtecích rámců odhalila vysokou sekvenční příbuznost jednotlivých genů (> 99 %). Pro odhalení podstaty rozdílů v klinické manifestaci syfilis a yaws je tedy nezbytné určit kompletní nukleotidovou sekvenci T. pallidum subsp. pertenue. Sekvence genomu kmene Samoa D byla získána pomocí komparativní genomové sekvenace (CGS) a pyrosekvenování. CGS bylo získáno 8 kontigů s 8 mezerami o velikosti 15 - 3850 bp. Pyrosekvenováním bylo získáno 29 kontigů s 29 mezerami o velikosti 1 - 3344 bp. Porovnáním CGS a pyrosekvenování bylo odhaleno 512 odlišností, které byly ověřeny sekvenací podle Sangera. Na chybách způsobených pyrosekvenováním se podílí z 93,6 % delece a inzerce (poměr delecí a inzercí je stejný), z 6,4 % substituce, na chybách způsobených CGS se podílejí z 47,5 % substituce, z 35,7 % delece a z 13,3 % inzerce a z 3,5 % kombinované změny. Z výsledků vyplývá, že CGS chybuje 1,3x častěji než pyrosekvenování.Velký podíl na chybách u pyrosekvenování je dán limitací této metody při zpracování signálu z homopolymerních úseků. Chyby u CGS mohou být způsobeny nepřesností referenční sekvence kmene Nichols.

Návaznosti

• GA310/07/0321, projekt VaV: Název: Komparativní genomové sekvencování patogenních treponem a transkriptomová analýza T. pallidum ssp. pallidum

Investor: Grantová agentura ČR, Komparativní genomové sekvencování patogenních treponem a transkriptomová analýza T. pallidum ssp. pallidum

• MSM0021622415, záměr: Název: Molekulární podstata buněčných a tkáňových regulací

Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Molekulární podstata buněčných a tkáňových regulací

• NR8967, projekt VaV: Název: Molekulární typizace kmenů a izolátů Treponema pallidum subsp. pallidum: základ pro epidemiologickou a klinickou identifikaci jednotlivých kmenů

Investor: Ministerstvo zdravotnictví ČR, Molekulární typizace kmenů a izolátů Treponema pallidum subsp. Pallidum: základ pro epidemiologickou a klinickou identifikaci jednotlivých kmenů