Nedílnou součástí kontroly kvality práce v mikrobiologických laboratoří je používání referenčních materiálů. Česká sbírka mikroorganismů (CCM) jako specializované servisní pracoviště Přírodovědecké fakulty Masarykovy univerzity poskytuje mikrobiologickým laboratořím vybranou skupinu testovacích mikroorganismů pro účely kontroly diagnostických souprav a testů, pro ověření kvality kultivačních médií specifikovaných v normách kontroly jakosti vod a potravin, kontrolní kmeny pro stanovení citlivosti bakterií a kvasinek k antimikrobiálním látkám, kontrolní kmeny dle Českého lékopisu 2005 a kmeny pro testování inhibičních látek v potravinách. Jedná se o soubor 157 kmenů mikroorganismů dodávaných ve formě lyofilizátů nebo na želatinových discích. Nabídka CCM se v roce 2007 rozšířila o kontrolní kmeny pro účely interní kontroly kvality diagnostických souprav STAPHYtest 24 a CANDIDAtest 21. Pro řízení a prověřování kvality práce mikrobiologických laboratoří se zavedeným systémem jakosti nabízí CCM referenční materiály s definovaným počtem testovacích mikroorganismů. Jedná se o skupinu kontrolních kmenů ve formě želatinových disků s definovanou hodnotou CFU. Tyto disky jsou určeny pro interní i externí kontrolu kvality v laboratořích (kontrola kvality kultivačních médií a diagnostických metod pomocí regulačních diagramů). Informace o způsobu objednávání a distribuce těchto kmenů naleznete na internetových stránkách CCM www.sci.muni.cz/ccm/. Nabídka testovacích mikroorganismů je dle požadavků praxe neustále rozšiřována a informace o kontrolních kmenech jsou průběžně aktualizovány. CCM připravuje rozšíření nabídky kontrolních kmenů mikroorganismů pro účely klinické mikrobiologie.