Identifikace genů pomocí DNA čipů, kterými integrinové
receptory regulují proliferaci a apoptózu leukemických B
lymfoblastů.

D 2005

Identifikace genů pomocí DNA čipů, kterými integrinové receptory regulují proliferaci a apoptózu leukemických B lymfoblastů.

SVOBODA, Marek, Anne ASTIER, Ronghui XIU and Arnold FREEDMAN

Basic information

Original name

Identifikace genů pomocí DNA čipů, kterými integrinové receptory regulují proliferaci a apoptózu leukemických B lymfoblastů.

Name (in English)

Identifikace genů pomocí DNA čipů, kterými integrinové receptory regulují proliferaci a apoptózu leukemických B lymfoblastů.

Authors

SVOBODA, Marek (203 Czech Republic, guarantor), Anne ASTIER (250 France), Ronghui XIU (840 United States of America) and Arnold FREEDMAN (840 United States of America)

Edition

1. vyd. Brno, Analytická cytometrie III - Sborník abstraktů, p. 113-114, 2 pp. 2005

Publisher

Česká společnost pro analytickou cytologii

Other information

Language

Czech

Type of outcome

Stať ve sborníku

Field of Study

30200 3.2 Clinical medicine

Country of publisher

Czech Republic

Confidentiality degree

není předmětem státního či obchodního tajemství

Organization unit

Faculty of Medicine

ISBN

80-239-5155-6

Keywords in English

leukemia; integrins; adhesion; survival; DNA microarrays; gene expression

Abstract

ORIG EN

V originále

Interakce mezi B lymfocyty a jejich životním mikroprostředím (tvořené buněčnou složkou a extracelulární matrix) v lymfatické tkáni jsou kritické pro přežívání normálních i maligních B lymfocytů. Uvedené interakce jsou zprostředkovány převážně prostřednictvím integrinových receptorů. Integriny jsou heterodimery složené z podjednotek alfa a beta. B lymfocyty na svém povrchu exprimují především alfa4beta1, alfa5beta1, alfa6beta1, alfavbeta1 integriny. Jejich aktivací dochází k rozdílným buněčným dějům. Nejvýznamnějším je záchrana B lymfocytů od fyziologicky navozené i chemoterapeutiky indukované apoptózy (Sarkar et al 2002 et Astier et al 2003). Vzhledem k nejasnosti mechanismu, kterým integrinové receptory zabraňují apoptóze leukemických B lymfocytů, provedli jsme srovnání profilů genové exprese v různých časových intervalech od aktivace beta1 integrinů specifickým ligandem (fibronectin) versus negativní kontrola. Za tímto účelem jsme použili technologie DNA čipů (microarrays), nesoucích na svém povrchu sondy pro přibližně 10.000 lidských genů (Svoboda et al. 2004). Apoptóza v experimentu byla indukována odstraněním růstových faktorů z kultivačního média. Výsledkem byla identifikace 38 genů, rozdílně exprimovaných za uvedených podmínek, z nichž 13 jsme podrobili další validaci, a to buď pomocí RealTime Quantitative PCR nebo přímo na proteinové úrovni. U 11 ze 13 genů byla validita potvrzena. Jednalo se o geny zahrnuté v procesech: adheze (VAV2, EPB41L1, CORO1A), proliferace (FRAP1, CCT4), intracelulární komunikace (GJB3) a apoptózy (FBI1, CD79a, REQUIEM, cFOS a Caspase 7) (Astier et al. 2003). V dalších experimentech jsme se zaměřili na Caspase 7, jako přímého exekutora apoptózy. Prokázali jsme začlenění Caspase 3 a caspase inhibitorů XIAP, IAP, Survivin do procesu inhibice apoptózy indukovaného aktivací integrinových receptorů (Astier et al. 2004). Během přednášky budeme stručně prezentovat experiment, ve kterém se nám pomocí DNA čipů podařilo na modelu lidských B lymfoblastů identifikovat geny spjaté s adhezí a aktivací integrinové signální dráhy. Vzhledem k tomu, že se jedná o modelový experiment pro využití DNA čipů ke studiu jakékoliv receptorové signální dráhy, zaměříme diskusi na jednotlivé kroky procesu jeho přípravy, realizace a vyhodnocení (Svoboda et al. 2004). Jedním z cílů bude upozornit na možná úskalí a rizika DNA čipových analýz, neboť až do současnosti neexistovala pravidla jejich standardizace, ani závazná doporučení stran biostatistického zpracování miliónů datových položek z těchto analýz vzešlých. Biostatistické zpracování dat je přitom klíčovým bodem experimentu a jeho interpretace (Stoeckert et al. 2002). I přesto, že základní dogma informačního toku v biologických systémech (DNA-RNA-protein-fenotyp) dává předpoklad k tomu, že biologické koreláty genové exprese jsou pomocí DNA čipů identifikovatelné, je potřeba mít při interpretaci těchto dat na paměti, že jsou zatíženy především falešně pozitivními výsledky, že popisují pouze jeden stupeň informačního toku, a tak nemohou plně postihnout post-transkripční a post-translační děje, proteinové interakce a komplexní in-vivo podmínky (Duggan et al. 1999).

In English

This publication exists only in Czech language

Citovat

SVOBODA, Marek, Anne ASTIER, Ronghui XIU and Arnold FREEDMAN. Identifikace genů pomocí DNA čipů, kterými integrinové receptory regulují proliferaci a apoptózu leukemických B lymfoblastů. In Analytická cytometrie III - Sborník abstraktů. 1st ed. Brno: Česká společnost pro analytickou cytologii, 2005, p. 113-114. ISBN 80-239-5155-6.

@inproceedings{726217,
   author = {Svoboda, Marek and Astier, Anne and Xiu, Ronghui and Freedman, Arnold},
   address = {Brno},
   booktitle = {Analytická cytometrie III - Sborník abstraktů},
   edition = {1},
   keywords = {leukemia; integrins; adhesion; survival; DNA microarrays; gene expression},
   language = {cze},
   location = {Brno},
   isbn = {80-239-5155-6},
   pages = {113-114},
   publisher = {Česká společnost pro analytickou cytologii},
   title = {Identifikace genů pomocí DNA čipů, kterými integrinové receptory regulují proliferaci a apoptózu leukemických B lymfoblastů.},
   year = {2005}
}

TY  - JOUR
ID  - 726217
AU  - Svoboda, Marek - Astier, Anne - Xiu, Ronghui - Freedman, Arnold
PY  - 2005
TI  - Identifikace genů pomocí DNA čipů, kterými integrinové receptory regulují proliferaci a apoptózu leukemických B lymfoblastů.
PB  - Česká společnost pro analytickou cytologii
CY  - Brno
SN  - 8023951556
KW  - leukemia
KW  - integrins
KW  - adhesion
KW  - survival
KW  - DNA microarrays
KW  - gene expression
N2  - Interakce mezi B lymfocyty a jejich životním mikroprostředím (tvořené buněčnou složkou a extracelulární matrix) v lymfatické tkáni jsou kritické pro přežívání normálních i maligních B lymfocytů. Uvedené interakce jsou zprostředkovány převážně prostřednictvím integrinových receptorů. Integriny jsou heterodimery složené z podjednotek alfa a beta. B lymfocyty na svém povrchu exprimují především alfa4beta1, alfa5beta1, alfa6beta1, alfavbeta1 integriny. Jejich aktivací dochází k rozdílným buněčným dějům. Nejvýznamnějším je záchrana B lymfocytů od fyziologicky navozené i chemoterapeutiky indukované apoptózy (Sarkar et al 2002 et Astier et al 2003). Vzhledem k nejasnosti mechanismu, kterým integrinové receptory zabraňují apoptóze leukemických B lymfocytů, provedli jsme srovnání profilů genové exprese v různých časových intervalech od aktivace beta1 integrinů specifickým ligandem (fibronectin) versus negativní kontrola. Za tímto účelem jsme použili technologie DNA čipů (microarrays), nesoucích na svém povrchu sondy pro přibližně 10.000 lidských genů (Svoboda et al. 2004). Apoptóza v experimentu byla indukována odstraněním růstových faktorů z kultivačního média. Výsledkem byla identifikace 38 genů, rozdílně exprimovaných za uvedených podmínek, z nichž 13 jsme podrobili další validaci, a to buď pomocí RealTime Quantitative PCR nebo přímo na proteinové úrovni. U 11 ze 13 genů byla validita potvrzena. Jednalo se o geny zahrnuté v procesech: adheze (VAV2, EPB41L1, CORO1A), proliferace (FRAP1, CCT4), intracelulární komunikace (GJB3) a apoptózy (FBI1, CD79a, REQUIEM, cFOS a Caspase 7) (Astier et al. 2003). V dalších experimentech jsme se zaměřili na Caspase 7, jako přímého exekutora apoptózy. Prokázali jsme začlenění Caspase 3 a caspase inhibitorů XIAP, IAP, Survivin do procesu inhibice apoptózy indukovaného aktivací integrinových receptorů (Astier et al. 2004). Během přednášky budeme stručně prezentovat experiment, ve kterém se nám pomocí DNA čipů podařilo na modelu lidských B lymfoblastů identifikovat geny spjaté s adhezí a aktivací integrinové signální dráhy. Vzhledem k tomu, že se jedná o modelový experiment pro využití DNA čipů ke studiu jakékoliv receptorové signální dráhy, zaměříme diskusi na jednotlivé kroky procesu jeho přípravy, realizace a vyhodnocení (Svoboda et al. 2004). Jedním z cílů bude upozornit na možná úskalí a rizika DNA čipových analýz, neboť až do současnosti neexistovala pravidla jejich standardizace, ani závazná doporučení stran biostatistického zpracování miliónů datových položek z těchto analýz vzešlých. Biostatistické zpracování dat je přitom klíčovým bodem experimentu a jeho interpretace (Stoeckert et al. 2002). I přesto, že základní dogma informačního toku v biologických systémech (DNA-RNA-protein-fenotyp) dává předpoklad k tomu, že biologické koreláty genové exprese jsou pomocí DNA čipů identifikovatelné, je potřeba mít při interpretaci těchto dat na paměti, že jsou zatíženy především falešně pozitivními výsledky, že popisují pouze jeden stupeň informačního toku, a tak nemohou plně postihnout post-transkripční a post-translační děje, proteinové interakce a komplexní in-vivo podmínky (Duggan et al. 1999).
ER  -

SVOBODA, Marek, Anne ASTIER, Ronghui XIU and Arnold FREEDMAN. Identifikace genů pomocí DNA čipů, kterými integrinové receptory regulují proliferaci a apoptózu leukemických B lymfoblastů. In \textit{Analytická cytometrie III - Sborník abstraktů}. 1st ed. Brno: Česká společnost pro analytickou cytologii, 2005, p.~113-114. ISBN~80-239-5155-6.

Detailed Information on Publication Record