SVOBODA, Marek, Anne ASTIER, Ronghui XIU and Arnold FREEDMAN. Identifikace genů pomocí DNA čipů, kterými integrinové receptory regulují proliferaci a apoptózu leukemických B lymfoblastů. In Analytická cytometrie III - Sborník abstraktů. 1. vyd. Brno: Česká společnost pro analytickou cytologii, 2005. p. 113-114, 2 pp. ISBN 80-239-5155-6.
Other formats:   BibTeX LaTeX RIS
Basic information
Original name Identifikace genů pomocí DNA čipů, kterými integrinové receptory regulují proliferaci a apoptózu leukemických B lymfoblastů.
Name (in English) Identifikace genů pomocí DNA čipů, kterými integrinové receptory regulují proliferaci a apoptózu leukemických B lymfoblastů.
Authors SVOBODA, Marek (203 Czech Republic, guarantor), Anne ASTIER (250 France), Ronghui XIU (840 United States of America) and Arnold FREEDMAN (840 United States of America).
Edition 1. vyd. Brno, Analytická cytometrie III - Sborník abstraktů, p. 113-114, 2 pp. 2005.
Publisher Česká společnost pro analytickou cytologii
Other information
Original language Czech
Type of outcome Proceedings paper
Field of Study 30200 3.2 Clinical medicine
Country of publisher Czech Republic
Confidentiality degree is not subject to a state or trade secret
Organization unit Faculty of Medicine
ISBN 80-239-5155-6
Keywords in English leukemia; integrins; adhesion; survival; DNA microarrays; gene expression
Tags adhesion, DNA microarrays, GENE EXPRESSION, Integrins, leukemia, survival
Tags Reviewed
Changed by Changed by: prof. MUDr. Marek Svoboda, Ph.D., učo 19402. Changed: 14/10/2007 01:28.
Abstract
Interakce mezi B lymfocyty a jejich životním mikroprostředím (tvořené buněčnou složkou a extracelulární matrix) v lymfatické tkáni jsou kritické pro přežívání normálních i maligních B lymfocytů. Uvedené interakce jsou zprostředkovány převážně prostřednictvím integrinových receptorů. Integriny jsou heterodimery složené z podjednotek alfa a beta. B lymfocyty na svém povrchu exprimují především alfa4beta1, alfa5beta1, alfa6beta1, alfavbeta1 integriny. Jejich aktivací dochází k rozdílným buněčným dějům. Nejvýznamnějším je záchrana B lymfocytů od fyziologicky navozené i chemoterapeutiky indukované apoptózy (Sarkar et al 2002 et Astier et al 2003). Vzhledem k nejasnosti mechanismu, kterým integrinové receptory zabraňují apoptóze leukemických B lymfocytů, provedli jsme srovnání profilů genové exprese v různých časových intervalech od aktivace beta1 integrinů specifickým ligandem (fibronectin) versus negativní kontrola. Za tímto účelem jsme použili technologie DNA čipů (microarrays), nesoucích na svém povrchu sondy pro přibližně 10.000 lidských genů (Svoboda et al. 2004). Apoptóza v experimentu byla indukována odstraněním růstových faktorů z kultivačního média. Výsledkem byla identifikace 38 genů, rozdílně exprimovaných za uvedených podmínek, z nichž 13 jsme podrobili další validaci, a to buď pomocí RealTime Quantitative PCR nebo přímo na proteinové úrovni. U 11 ze 13 genů byla validita potvrzena. Jednalo se o geny zahrnuté v procesech: adheze (VAV2, EPB41L1, CORO1A), proliferace (FRAP1, CCT4), intracelulární komunikace (GJB3) a apoptózy (FBI1, CD79a, REQUIEM, cFOS a Caspase 7) (Astier et al. 2003). V dalších experimentech jsme se zaměřili na Caspase 7, jako přímého exekutora apoptózy. Prokázali jsme začlenění Caspase 3 a caspase inhibitorů XIAP, IAP, Survivin do procesu inhibice apoptózy indukovaného aktivací integrinových receptorů (Astier et al. 2004). Během přednášky budeme stručně prezentovat experiment, ve kterém se nám pomocí DNA čipů podařilo na modelu lidských B lymfoblastů identifikovat geny spjaté s adhezí a aktivací integrinové signální dráhy. Vzhledem k tomu, že se jedná o modelový experiment pro využití DNA čipů ke studiu jakékoliv receptorové signální dráhy, zaměříme diskusi na jednotlivé kroky procesu jeho přípravy, realizace a vyhodnocení (Svoboda et al. 2004). Jedním z cílů bude upozornit na možná úskalí a rizika DNA čipových analýz, neboť až do současnosti neexistovala pravidla jejich standardizace, ani závazná doporučení stran biostatistického zpracování miliónů datových položek z těchto analýz vzešlých. Biostatistické zpracování dat je přitom klíčovým bodem experimentu a jeho interpretace (Stoeckert et al. 2002). I přesto, že základní dogma informačního toku v biologických systémech (DNA-RNA-protein-fenotyp) dává předpoklad k tomu, že biologické koreláty genové exprese jsou pomocí DNA čipů identifikovatelné, je potřeba mít při interpretaci těchto dat na paměti, že jsou zatíženy především falešně pozitivními výsledky, že popisují pouze jeden stupeň informačního toku, a tak nemohou plně postihnout post-transkripční a post-translační děje, proteinové interakce a komplexní in-vivo podmínky (Duggan et al. 1999).
Abstract (in English)
This publication exists only in Czech language
PrintDisplayed: 25/11/2020 04:13