Využití DNA čipů (profilů genové exprese) pro molekulární
diagnostiku a predikci u karcinomu prsu

D 2005

Využití DNA čipů (profilů genové exprese) pro molekulární diagnostiku a predikci u karcinomu prsu

SVOBODA, Marek, Peter GRELL and Katarína PETRÁKOVÁ

Basic information

Original name

Využití DNA čipů (profilů genové exprese) pro molekulární diagnostiku a predikci u karcinomu prsu

Name in Czech

Využití DNA čipů (profilů genové exprese) pro molekulární diagnostiku a predikci u karcinomu prsu

Name (in English)

The use of DNA microarrays for molecular diagnostics and prediction of breast cancer.

Authors

SVOBODA, Marek, Peter GRELL and Katarína PETRÁKOVÁ

Edition

1. vyd. Olomouc, 1. ročník Dny diagnostické, prediktivní a experimentální onkologie, p. 13-13, 2005

Publisher

Sekce diagnostické a prediktivní onkologie České onkologické společnosti JEP

Other information

Language

Czech

Type of outcome

Stať ve sborníku

Field of Study

30200 3.2 Clinical medicine

Country of publisher

Czech Republic

Confidentiality degree

není předmětem státního či obchodního tajemství

Organization unit

Faculty of Medicine

ISBN

80-239-6302-3

Keywords in English

DNA microarrays; breast cancer; prediction; prognosis

Abstract

ORIG EN

V originále

Naše současné porozumění pro většinu nádorů je stále omezeno především na jejich histologickou klasifikaci, grading, klinický rozsah a ojedinělé molekulární markery choroby. Kombinace těchto kritérií je více či méně úspěšně používána k rozlišení prognosticky odlišných skupin. Z pohledu 21. století charakterizovaného rozvojem nových technologií na poli molekulární biologie a genetiky, a existencí částečně i kompletně zmapovaných genomů již několika organismů, včetně úplné sekvence lidského genomu, se to jeví jako nedostatečné. Je-li aberantní genová exprese skutečně klíčovým krokem iniciace, promoce a progrese tumoru, a platí-li základní dogma informačního toku v biologických systémech (DNA-RNA-protein-fenotyp), vzniká tak předpoklad, že biologické koreláty genové exprese jsou identifikovatelné. Naděje je proto vkládána do DNA čipů (DNA microarrays), které představují zařízení schopné ve velmi krátkém čase paralelně detekovat a kvantifikovat expresi až desítky tisíc genů (profil genové exprese) a nebo identifikovat variabilitu genetického kódu. DNA čipové analýzy nám umožňují globální pohled na genovou expresi nádoru a identifikaci genetických markerů důležitých pro diagnostiku, klasifikaci a predikci nádorového onemocnění (1). To dokazuje celá řada prací na toto téma publikovaných. V naší přednášce se zaměříme na dosavadní využití DNA čipů a získaných profilů genové exprese u karcinomu prsu. Ve stručném přehledu některé výsledky uvádíme. Perou a kolektiv publikovali v roce 2000 v Nature (2) a v roce 2001 v PNAS(3) práce, ve kterých na základě profilu genové exprese identifikovali 4 hlavní skupiny karcinomů prsu. První skupina karcinomů byla charakterizována expresí cytokeratinů luminálního typu a estrogenových receptorů. Byla proto označena luminal group a podle intenzity exprese rozdělena na podskupinu luminal-A, s vysokou expresí těchto markerů, a luminal-B / luminal C s nízkou expresí. Druhá skupina karcinomů byla odlišitelná pomocí vysoké exprese HER2. Třetí skupina, basal-like, se vyznačovala vysokou expresí cytokeratinů bazálního typu a sporadickou expresí estrogenových receptorů. Čtvrtá skupina byla pojmenována normal breast-like a byla pro ni charakteristická exprese genů exprimovaných především tukovou a neepiteliální tkání z karcinomu prsu. Uvedené rozdělení mělo silný prognostický význam. Klinického použití poznatků z DNA mikročipových analýz využívá i americká skupina z Dana Farber Cancer Institute, která svou klinickou studii II. fáze založila na zjištění, že karcinomy prsu charakterizované buď přítomností BRCA1 mutace, nebo triple negative phenotype (ER-, PR-, HER-2 neg), nebo basal-like group genotyp tumoru, mají do jisté míry podobné profily genové exprese(6) . Vzhledem k tomu, že v preklinických experimentech byla prokázána zvýšená citlivost buněčných linií karcinomů prsu nesoucích BRCA1 mutaci k interkalačním látkám(7), je u pacientek I. a II. klinického stádia zařazených do studie podávána chemoterapie založena na cisplatině. Nabízí se řada dalších využití stávajících poznatků z DNA čipových analýz. Například zajímavá je jistě otázka, zda karcinomy z jednotlivých podskupin luminal A, B a C mají stejný benefit z adjuvantní léčby tamoxifenem? Nebo jestli DNA čipy mohou predikovat rezistenci na léčbu trastuzumabem? Poděkování: Práce byla provedena s přispěním výzkumných úkolů: Grant IGA MZ ČR NR/8335- 3 a NR/8270-3.

In English

This publication is only in Czech language.

Links

NR8335, research and development project

Name: Predikce chemosenzitivity / chemorezistence na cílenou protinádorovou terapii u pacientek s karcinomem prsu s prokázanou HER-2 pozitivitou, na podkladě analýzy Akt signální dráhy a sérové hladiny HER-2 receptoru

Citovat

SVOBODA, Marek, Peter GRELL and Katarína PETRÁKOVÁ. Využití DNA čipů (profilů genové exprese) pro molekulární diagnostiku a predikci u karcinomu prsu (The use of DNA microarrays for molecular diagnostics and prediction of breast cancer.). In 1. ročník Dny diagnostické, prediktivní a experimentální onkologie. 1st ed. Olomouc: Sekce diagnostické a prediktivní onkologie České onkologické společnosti JEP, 2005, p. 13. ISBN 80-239-6302-3.

@inproceedings{726228,
   author = {Svoboda, Marek and Grell, Peter and Petráková, Katarína},
   address = {Olomouc},
   booktitle = {1. ročník Dny diagnostické, prediktivní a experimentální onkologie},
   edition = {1},
   keywords = {DNA microarrays; breast cancer; prediction; prognosis},
   language = {cze},
   location = {Olomouc},
   isbn = {80-239-6302-3},
   pages = {13-13},
   publisher = {Sekce diagnostické a prediktivní onkologie České onkologické společnosti JEP},
   title = {Využití DNA čipů (profilů genové exprese) pro molekulární diagnostiku a predikci u karcinomu prsu},
   year = {2005}
}

TY  - JOUR
ID  - 726228
AU  - Svoboda, Marek - Grell, Peter - Petráková, Katarína
PY  - 2005
TI  - Využití DNA čipů (profilů genové exprese) pro molekulární diagnostiku a predikci u karcinomu prsu
PB  - Sekce diagnostické a prediktivní onkologie České onkologické společnosti JEP
CY  - Olomouc
SN  - 8023963023
KW  - DNA microarrays
KW  - breast cancer
KW  - prediction
KW  - prognosis
N2  - Naše současné porozumění pro většinu nádorů je stále omezeno především na jejich histologickou klasifikaci, grading, klinický rozsah a ojedinělé molekulární markery choroby. Kombinace těchto kritérií je více či méně úspěšně používána k rozlišení prognosticky odlišných skupin. Z pohledu 21. století charakterizovaného rozvojem nových technologií na poli molekulární biologie a genetiky, a existencí částečně i kompletně zmapovaných genomů již několika organismů, včetně úplné sekvence lidského genomu, se to jeví jako nedostatečné. Je-li aberantní genová exprese skutečně klíčovým krokem iniciace, promoce a progrese tumoru, a platí-li základní dogma informačního toku v biologických systémech (DNA-RNA-protein-fenotyp), vzniká tak předpoklad, že biologické koreláty genové exprese jsou identifikovatelné. Naděje je proto vkládána do DNA čipů (DNA microarrays), které představují zařízení schopné ve velmi krátkém čase paralelně detekovat a kvantifikovat expresi až desítky tisíc genů (profil genové exprese) a nebo identifikovat variabilitu genetického kódu. DNA čipové analýzy nám umožňují globální pohled na genovou expresi nádoru a identifikaci genetických markerů důležitých pro diagnostiku, klasifikaci a predikci nádorového onemocnění (1). To dokazuje celá řada prací na toto téma publikovaných. V naší přednášce se zaměříme na dosavadní využití DNA čipů a získaných profilů genové exprese u karcinomu prsu. Ve stručném přehledu některé výsledky uvádíme. Perou a kolektiv publikovali v roce 2000 v Nature (2) a v roce 2001 v PNAS(3) práce, ve kterých na základě profilu genové exprese identifikovali 4 hlavní skupiny karcinomů prsu. První skupina karcinomů byla charakterizována expresí cytokeratinů luminálního typu a estrogenových receptorů. Byla proto označena luminal group a podle intenzity exprese rozdělena na podskupinu luminal-A, s vysokou expresí těchto markerů, a luminal-B / luminal C s nízkou expresí. Druhá skupina karcinomů byla odlišitelná pomocí vysoké exprese HER2. Třetí skupina, basal-like, se vyznačovala vysokou expresí cytokeratinů bazálního typu a sporadickou expresí estrogenových receptorů. Čtvrtá skupina byla pojmenována normal breast-like a byla pro ni charakteristická exprese genů exprimovaných především tukovou a neepiteliální tkání z karcinomu prsu. Uvedené rozdělení mělo silný prognostický význam. Klinického použití poznatků z DNA mikročipových analýz využívá i americká skupina z Dana Farber Cancer Institute, která svou klinickou studii II. fáze založila na zjištění, že karcinomy prsu charakterizované buď přítomností BRCA1 mutace, nebo triple negative phenotype (ER-, PR-, HER-2 neg), nebo basal-like group genotyp tumoru, mají do jisté míry podobné profily genové exprese(6) . Vzhledem k tomu, že v preklinických experimentech byla prokázána zvýšená citlivost buněčných linií karcinomů prsu nesoucích BRCA1 mutaci k interkalačním látkám(7), je u pacientek I. a II. klinického stádia zařazených do studie podávána chemoterapie založena na cisplatině. Nabízí se řada dalších využití stávajících poznatků z DNA čipových analýz. Například zajímavá je jistě otázka, zda karcinomy z jednotlivých podskupin luminal A, B a C mají stejný benefit z adjuvantní léčby tamoxifenem? Nebo jestli DNA čipy mohou predikovat rezistenci na léčbu trastuzumabem? Poděkování: Práce byla provedena s přispěním výzkumných úkolů: Grant IGA MZ ČR NR/8335- 3 a NR/8270-3.
ER  -

SVOBODA, Marek, Peter GRELL and Katarína PETRÁKOVÁ. Využití DNA čipů (profilů genové exprese) pro molekulární diagnostiku a predikci u karcinomu prsu (The use of DNA microarrays for molecular diagnostics and prediction of breast cancer.). In \textit{1. ročník Dny diagnostické, prediktivní a experimentální onkologie}. 1st ed. Olomouc: Sekce diagnostické a prediktivní onkologie České onkologické společnosti JEP, 2005, p.~13. ISBN~80-239-6302-3.

Detailed Information on Publication Record