Detailed Information on Publication Record
2007
Visualization of Tunnels in Protein Molecules
KOZLÍKOVÁ, Barbora, Filip ANDRES and Jiří SOCHORBasic information
Original name
Visualization of Tunnels in Protein Molecules
Name in Czech
Vizualizace tunelů v molekulách proteinů
Authors
KOZLÍKOVÁ, Barbora (203 Czech Republic, guarantor), Filip ANDRES (203 Czech Republic) and Jiří SOCHOR (203 Czech Republic)
Edition
October 2007. Grahamstown, South Africa, Computer graphics, virtual reality, visualisation and interaction in Africa AFRIGRAPH '07, p. 111-118, 8 pp. 2007
Publisher
ACM
Other information
Language
English
Type of outcome
Stať ve sborníku
Field of Study
10201 Computer sciences, information science, bioinformatics
Country of publisher
South Africa
Confidentiality degree
není předmětem státního či obchodního tajemství
References:
RIV identification code
RIV/00216224:14330/07:00020597
Organization unit
Faculty of Informatics
ISBN
978-1-59593-906-7
UT WoS
000266432000014
Keywords in English
protein; tunnel; visualization; tetrahedrization; Loop subdivision
Tags
International impact, Reviewed
Změněno: 19/11/2007 15:43, doc. RNDr. Barbora Kozlíková, Ph.D.
V originále
This paper presents two novel techniques for visualization of tunnels in complex molecules of proteins. Long-term research in the field of protein analysis proved that the reactivity of the protein molecule depends on the presence of tunnels. These structures are very important mainly in the process of finding new pharmaceuticals. Visualization of a tunnel is the next very important step after the analysis because it enables the biochemists to determine the crucial regions of the tunnel, which can have a substantial effect in the process of designing new medication. Previous methods for the visualization of tunnels define a tunnel as a set of intersecting spheres. Our approach exploits tetrahedra obtained from the process of tunnel analysis based on the Voronoi diagrams and Delaunay tetrahedrization. We proposed two novel algorithms that visualize a tunnel as a surface derived fromthe tetrahedra, which form the boundary constraint of the tunnel in the space of the molecule.
In Czech
Tento článek prezentuje dva nové přístupy k vizualizaci tunelů v molekulách proteinů. Dlouhodobý výzkum v oblasti analýzy proteinů prokázal, že schopnost proteinů reagovat s jinou molekulou úzce souvisí s přítomností takzvaných tunelů. Tyto struktury hrají významou úlohu zejména při návrhu nových léčiv. Následným krokem je vizualizace těchto spočtených tunelů, která umožní biochemikovi určit ty části tunelu, které jsou podstatné při tvorbě léčiv. Předchozí vizualizační metody zobrazovaly tunel jako sekvenci protínajících se koulí. Naše nové přístupy využívají pro zobrazení Delaunayho tetrahedrizaci, která vzniká již při procesu hledání tunelů. Nově navržené algoritmy tedy zobrazují tunel jako povrch vygenerovaný ze sekvence tetrahedronů tvořících hranici spočteného tunelu.
Links
| GA201/07/0927, research and development project |
|