R 2007

Acquiarium 1.0

MATULA, Pavel, Martin MAŠKA, Ondřej DANĚK, Petr MATULA, Michal KOZUBEK et. al.

Basic information

Original name

Acquiarium 1.0

Name in Czech

Acquiarium 1.0

Authors

MATULA, Pavel (203 Czech Republic, guarantor), Martin MAŠKA (203 Czech Republic), Ondřej DANĚK (203 Czech Republic), Petr MATULA (203 Czech Republic), Michal KOZUBEK (203 Czech Republic) and Petr KRONTORÁD (203 Czech Republic)

Edition

2007

Other information

Language

English

Type of outcome

Software

Field of Study

20200 2.2 Electrical engineering, Electronic engineering, Information engineering

Country of publisher

Czech Republic

Confidentiality degree

není předmětem státního či obchodního tajemství

References:

RIV identification code

RIV/00216224:14330/07:00025677

Organization unit

Faculty of Informatics

Keywords in English

image acquisition; image correction; automated image analysis; fluorescence microscopy

Technical parameters

free software distributed as binaries; written in C++ language

Tags

Tags

International impact
Změněno: 4/2/2009 14:35, doc. RNDr. Pavel Matula, Ph.D.

Abstract

ORIG CZ

V originále

Acquiarium is an image acquisition and analysis software for high-resolution 3D cytometry. Its main goal is to provide tools for high-quality evaluation of spatial arrangement of fluorescently labeled targets in a large number of cells. The idea is to link high-throughput acquisition using spinning-disk confocal microscopes with appropriate software tools for automated 3D image analysis. Version 1.0 is described at http://cbia.fi.muni.cz/projects/acquiarium-version-1.0.html

In Czech

Acquiarium je software na snímání obrazu a analýzu obrazu pro účely 3D cytometrie s vysokým rozlišením. Jeho hlavním cílem je poskytnout nástroje na vysoce kvalitní vyhodnocení prostorového uspořádání fluorescenčně označených cílů ve velkém množství buněk. Hlavní myšlenka tkví v propojení rychlého snímání obrazu pomocí konfokálních mikroskopů s rotujícím diskem a náležitými nástroji pro automatickou 3D obrazovou analýzu. Verze 1.0 je popsána na http://cbia.fi.muni.cz/projects/acquiarium-version-1.0.html

Links

2B06052, research and development project
Name: Vytipování markerů, screening a časná diagnostika nádorových onemocnění pomocí vysoce automatizovaného zpracování multidimenzionálních biomedicínských obrazů (Acronym: Biomarker)
Investor: Ministry of Education, Youth and Sports of the CR, Determination of markers, screening and early diagnostics of cancer diseases using highly automated processing of multidimensional biomedical images