Acquiarium 1.0

MATULA, Pavel, Martin MAŠKA, Ondřej DANĚK, Petr MATULA, Michal KOZUBEK and Petr KRONTORÁD. Acquiarium 1.0. Online. 2007, [citováno 2024-04-24]

Basic information

• Original name: Acquiarium 1.0
• Name in Czech: Acquiarium 1.0
• Authors: MATULA, Pavel (203 Czech Republic, guarantor), Martin MAŠKA (203 Czech Republic), Ondřej DANĚK (203 Czech Republic), Petr MATULA (203 Czech Republic), Michal KOZUBEK (203 Czech Republic) and Petr KRONTORÁD (203 Czech Republic)
• Edition: 2007.

Other information

• Original language: English
• Type of outcome: Software
• Field of Study: 20200 2.2 Electrical engineering, Electronic engineering, Information engineering
• Country of publisher: Czech Republic
• Confidentiality degree: is not subject to a state or trade secret
• WWW: URL
• RIV identification code: RIV/00216224:14330/07:00025677
• Organization unit: Faculty of Informatics
• Keywords in English: image acquisition; image correction; automated image analysis; fluorescence microscopy
• Technical parameters: free software distributed as binaries; written in C++ language
• Tags: automated image analysis, fluorescence microscopy, image acquisition, image correction
• Tags: International impact

Abstract

Acquiarium is an image acquisition and analysis software for high-resolution 3D cytometry. Its main goal is to provide tools for high-quality evaluation of spatial arrangement of fluorescently labeled targets in a large number of cells. The idea is to link high-throughput acquisition using spinning-disk confocal microscopes with appropriate software tools for automated 3D image analysis. Version 1.0 is described at http://cbia.fi.muni.cz/projects/acquiarium-version-1.0.html

Abstract (in Czech)

Acquiarium je software na snímání obrazu a analýzu obrazu pro účely 3D cytometrie s vysokým rozlišením. Jeho hlavním cílem je poskytnout nástroje na vysoce kvalitní vyhodnocení prostorového uspořádání fluorescenčně označených cílů ve velkém množství buněk. Hlavní myšlenka tkví v propojení rychlého snímání obrazu pomocí konfokálních mikroskopů s rotujícím diskem a náležitými nástroji pro automatickou 3D obrazovou analýzu. Verze 1.0 je popsána na http://cbia.fi.muni.cz/projects/acquiarium-version-1.0.html

Links

• 2B06052, research and development project: Name: Vytipování markerů, screening a časná diagnostika nádorových onemocnění pomocí vysoce automatizovaného zpracování multidimenzionálních biomedicínských obrazů (Acronym: Biomarker)

Investor: Ministry of Education, Youth and Sports of the CR, Determination of markers, screening and early diagnostics of cancer diseases using highly automated processing of multidimensional biomedical images