Proteomics: Technology, science, or a thing of future?

BOUCHAL, Pavel. Proteomics: Technology, science, or a thing of future? (Proteomics: technology, science, or a thing of future?). In 1st Central and Eastern European Proteomic Conference and 3rd Czech Proteomic Conference. Praha: Česká proteomická společnost, 2007, p. 30.

Basic information

• Original name: Proteomics: Technology, science, or a thing of future?
• Name in Czech: Proteomika: technologie, věda, nebo hudba budoucnosti?
• Authors: BOUCHAL, Pavel.
• Edition: Praha, 1st Central and Eastern European Proteomic Conference and 3rd Czech Proteomic Conference, p. 30-30, 2007.
• Publisher: Česká proteomická společnost

Other information

• Original language: English
• Type of outcome: Proceedings paper
• Field of Study: 10600 1.6 Biological sciences
• Country of publisher: Czech Republic
• Confidentiality degree: is not subject to a state or trade secret
• Organization unit: Faculty of Science
• Keywords in English: proteomics; problem selection; systems biology
• Tags: problem selection, proteomics, systems biology
• Tags: International impact

Abstract

The adjective "proteomic" has been used for projects making use of complex protein composition analysis methods for twelve years. One of aims of current advanced proteomics should be the involvement of these methods in broader system-biologically oriented projects to answer complex, but exactly targeted biological questions. In this lecture, the efforts of Laboratory of Proteomics at Institute of Biochemistry, Faculty of Science, Masaryk University in Brno since 2001 are mapped. From the optimization of laboratory protocols involving two-dimensional gel electrophoresis with carrier ampholytes and immobilized pH gradients, through analyses of Paracoccus dentrificans bacterial membrane samples, via identification of proteins typical of various P. denitrificans growth modes, via studying sulfur and iron oxidation pathways in Acidithiobacillus ferrooxidans, to the analysis of protein expression and phosphorylation variations in WBF344 cells. Additionally, we cooperate with Masaryk Memorial Cancer Institute in Brno on identification of new biomarkers of various solid tumors using SELDI-TOF MS. For all projects, contributions of proteomics to answering the complex biological questions will be reviewed. Advantages as well as drawbacks of applied methodological approaches and their applicability in routine clinical practice will be discussed. Additional discussions will be hold about questions concerning the scientific problem selection in proteomics.

Abstract (in Czech)

Slovo "proteomický" je již 12 let užíváno pro projekty využívající metody komplexní analýzy proteinového složení. Jedním z cílů současného proteomického výzkumu by mělo být zapojení těchto metod do řešení projektů pojatých z hlediska takzvané systémové biologie. V přednášce je mapováno úsilí v Laboratoři proteomiky Ústavu biochemie PřF MU v Brně od roku 2001: Od optimalizace laboratorních protokolů, přes identifikace proteinů typických pro různé růstové módy u bakterie Paracoccus denitrificans, přes studium drah oxidace síry a železa u bakterie Acidithiobacillus ferrooxidans a analýzu proteinové exprese a změn fosforylace v buňkách buněčné linie WBF344 ke spolupráci s Masarykovým onkologickým ústavem na identifikaci biomarkerů solidních nádorů pomocí SELDI-TOF MS. Pro výše uvedené projekty je zhodnocen příspěvek proteomických metod k dosažení odpovědí na konkrétní biologické otázky. Jsou diskutovány výhody a nevýhody použitých proteomických přístupů a jejich aplikovatelnost v běžné klinické praxi. Diskuse bude rovněž zaměřena na problematiku volby cíle proteomického výzkumu.

Links

• MSM0021622413, plan (intention): Name: Proteiny v metabolismu a při interakci organismů s prostředím

Investor: Ministry of Education, Youth and Sports of the CR, Proteins in metabolism and interaction of organisms with the environment