KADEŘÁVEK, Pavel and Radovan FIALA. Limits of Accuracy of RNA Dynamics Studied by Model Free Analysis of C-13 Relaxation. In 22nd NMR Valtice. 1st ed. Brno: Masarykova Univerzita, 2007, p. 2-2. ISBN 978-80-86441-38-2.
Other formats:   BibTeX LaTeX RIS
Basic information
Original name Limits of Accuracy of RNA Dynamics Studied by Model Free Analysis of C-13 Relaxation
Name in Czech Meze správnosti studia dynamiky RNA pomocí model-free analýzy relaxace uhlíku C-13
Authors KADEŘÁVEK, Pavel (203 Czech Republic) and Radovan FIALA (203 Czech Republic, guarantor).
Edition 1. vyd. Brno, 22nd NMR Valtice, p. 2-2, 1 pp. 2007.
Publisher Masarykova Univerzita
Other information
Original language English
Type of outcome Proceedings paper
Field of Study 10600 1.6 Biological sciences
Country of publisher Czech Republic
Confidentiality degree is not subject to a state or trade secret
RIV identification code RIV/00216224:14310/07:00023225
Organization unit Faculty of Science
ISBN 978-80-86441-38-2
Keywords in English dynamics; NMR spectroscopy; nucleic acid; relaxation; chemical shift anisotropy
Tags chemical shift anisotropy, dynamics, NMR Spectroscopy, nucleic acid, relaxation
Tags International impact
Changed by Changed by: doc. RNDr. Radovan Fiala, CSc., učo 564. Changed: 7/1/2008 17:42.
Abstract
The model free analysis of the relaxation data is one of the possible approaches to the investigation of the internal dynamics via NMR. However, the validity of the model-free approach for C-13 relaxation of nucleic acids has not been tested sufficiently. Especially, the properties of the chemical shielding tensor may not always meet the assumptions on which the model-free approach is based. The goal of this work was to find the conditions under which the model free analysis of the C-13 relaxation rates in nucleic acid bases is applicable with an acceptable accuracy. We have studied the effect for axially symmetric molecules with the ratio of the diffusion coefficients parallel and perpendicular to the axis of the molecule ranging from 2.4 to 8.2, corresponding to DNA duplexes with 12 to 30 base pairs. The results show that the studies of the relaxation behavior at 800 MHz of carbon C6 in pyrimidines are inaccurate for all studied molecules. On the other hand, the relaxation rates at the lowest studied magnetic field corresponding to 400 MHz provide acceptably accurate order parameters for all studied cases except for carbons C6 in pyrimidines and the molecule 30 base pairs long.
Abstract (in Czech)
Model-free analýza relaxačních dat je jednou z metod studia interní dynamiky molekul pomocí NMR spektroskopie. Aplikovatelnost model-free přístupu na analýzu C-13 relaxačních dat u uhlíků v bazích nukleových kyselin však nebyla dosud dostatečně prověřena. Cílem této práce je nalézt podmínky, za nichž je tato metoda aplikovatelná s dostatečnou správností. Studovali jsme vliv asymetrie tenzoru chemického stínění pro molekuly s axiálně symetrickým difuzním koeficientem s poměrem složek 2.4 až 8.2, což odpovídá duplexům DNA o 12 až 30 párech bazí. Maximální povolená chyba parametru uspořádání byla 0.05. Výsledky ukazují, že pro atom C6 v pyrimidinových bazích jsou při rezonanční frekvenci vodíku 800 MHz výsledky zatíženy příliš velkou chybou u všech studovaných molekul, zatímco při 400 MHz je chyba přijatelná u všech studovaných molekul s výjimkou molekuly s 30ti páry bazí.
Links
LC06030, research and development projectName: Biomolekulární centrum
Investor: Ministry of Education, Youth and Sports of the CR, Biomolecular centre
MSM0021622413, plan (intention)Name: Proteiny v metabolismu a při interakci organismů s prostředím
Investor: Ministry of Education, Youth and Sports of the CR, Proteins in metabolism and interaction of organisms with the environment
PrintDisplayed: 26/4/2024 07:25