Detailed Information on Publication Record
2007
Limits of Accuracy of RNA Dynamics Studied by Model Free Analysis of C-13 Relaxation
KADEŘÁVEK, Pavel and Radovan FIALABasic information
Original name
Limits of Accuracy of RNA Dynamics Studied by Model Free Analysis of C-13 Relaxation
Name in Czech
Meze správnosti studia dynamiky RNA pomocí model-free analýzy relaxace uhlíku C-13
Authors
KADEŘÁVEK, Pavel (203 Czech Republic) and Radovan FIALA (203 Czech Republic, guarantor)
Edition
1. vyd. Brno, 22nd NMR Valtice, p. 2-2, 1 pp. 2007
Publisher
Masarykova Univerzita
Other information
Language
English
Type of outcome
Stať ve sborníku
Field of Study
10600 1.6 Biological sciences
Country of publisher
Czech Republic
Confidentiality degree
není předmětem státního či obchodního tajemství
RIV identification code
RIV/00216224:14310/07:00023225
Organization unit
Faculty of Science
ISBN
978-80-86441-38-2
Keywords in English
dynamics; NMR spectroscopy; nucleic acid; relaxation; chemical shift anisotropy
Tags
International impact
Změněno: 7/1/2008 17:42, doc. RNDr. Radovan Fiala, CSc.
V originále
The model free analysis of the relaxation data is one of the possible approaches to the investigation of the internal dynamics via NMR. However, the validity of the model-free approach for C-13 relaxation of nucleic acids has not been tested sufficiently. Especially, the properties of the chemical shielding tensor may not always meet the assumptions on which the model-free approach is based. The goal of this work was to find the conditions under which the model free analysis of the C-13 relaxation rates in nucleic acid bases is applicable with an acceptable accuracy. We have studied the effect for axially symmetric molecules with the ratio of the diffusion coefficients parallel and perpendicular to the axis of the molecule ranging from 2.4 to 8.2, corresponding to DNA duplexes with 12 to 30 base pairs. The results show that the studies of the relaxation behavior at 800 MHz of carbon C6 in pyrimidines are inaccurate for all studied molecules. On the other hand, the relaxation rates at the lowest studied magnetic field corresponding to 400 MHz provide acceptably accurate order parameters for all studied cases except for carbons C6 in pyrimidines and the molecule 30 base pairs long.
In Czech
Model-free analýza relaxačních dat je jednou z metod studia interní dynamiky molekul pomocí NMR spektroskopie. Aplikovatelnost model-free přístupu na analýzu C-13 relaxačních dat u uhlíků v bazích nukleových kyselin však nebyla dosud dostatečně prověřena. Cílem této práce je nalézt podmínky, za nichž je tato metoda aplikovatelná s dostatečnou správností. Studovali jsme vliv asymetrie tenzoru chemického stínění pro molekuly s axiálně symetrickým difuzním koeficientem s poměrem složek 2.4 až 8.2, což odpovídá duplexům DNA o 12 až 30 párech bazí. Maximální povolená chyba parametru uspořádání byla 0.05. Výsledky ukazují, že pro atom C6 v pyrimidinových bazích jsou při rezonanční frekvenci vodíku 800 MHz výsledky zatíženy příliš velkou chybou u všech studovaných molekul, zatímco při 400 MHz je chyba přijatelná u všech studovaných molekul s výjimkou molekuly s 30ti páry bazí.
Links
| LC06030, research and development project |
| ||
| MSM0021622413, plan (intention) |
|