J 2008

Two-dimensional condensation of pyrimidine oligonucleotides during their self-assemblies at mercury based surfaces.

HASOŇ, Stanislav, Vladimír VETTERL and Miroslav FOJTA

Basic information

Original name

Two-dimensional condensation of pyrimidine oligonucleotides during their self-assemblies at mercury based surfaces.

Name in Czech

Dvojrozměrná kondenzace pyrimidinových oligonukleotidů během jejich samouspořádání na rtuťových površích.

Authors

HASOŇ, Stanislav (203 Czech Republic), Vladimír VETTERL (203 Czech Republic, guarantor) and Miroslav FOJTA (203 Czech Republic)

Edition

Electrochimica Acta, Amsterdam, Elsevier Science, 2008, 0013-4686

Other information

Language

English

Type of outcome

Článek v odborném periodiku

Field of Study

10610 Biophysics

Country of publisher

Czech Republic

Confidentiality degree

není předmětem státního či obchodního tajemství

Impact factor

Impact factor: 3.078

RIV identification code

RIV/00216224:14310/08:00024608

Organization unit

Faculty of Science

UT WoS

000253213600020

Keywords in English

Oligonucleotides; adsorption; two-dimensional condensation; hanging mercury drop electrode; solid amalgam electrode; AC impedance measurements

Tags

Tags

International impact, Reviewed
Změněno: 21/1/2008 10:15, prof. RNDr. Vladimír Vetterl, DrSc.

Abstract

ORIG CZ

V originále

For the first time it is shown that homopyrimidine oligodeoxynucleotides (ODNs) adsorbed at mercury or amalgam electrode surface can condensate upon applying negative potentials (around -1.35 V vs. Ag/AgCl/3M KCl). This 2D condensation resulted in formation of capacitance pits on the C-E curves resembling those observed earlier with monomeric nucleic acid bases, nucleosides and nucleotides. Differences in behavior of the condensed layers of dT30 and dC30 ODNs, reflecting different physico-chemical and electrochemical properties of thymine and cytosine, were observed. Formation of the ODN condensed film involved reorientation of the oligonucleotide molecules firmly adsorbed at the electrode and took place even in the absence of any ODN in the bulk of solution. Homopurine ODNs did not form these two-dimensional (2D) condensed monolayers under the same conditions. A preliminary thermodynamic analysis of the condensed ODN layers is presented.

In Czech

Po prvé je ukázáno, že homopyrimidinové oligodeoxynukleotidy (ODN) adsorbované na povrchu rtuťové nebo amalgamové elektrody mohou při záporných potenciálech (v okolí -1.35 V vs. Ag/AgCl/3M KCl) kondenzovat. V důsledku této dvojrozměrné kondenzace vznikají na C-E křivkách kapacitní jámy připomínající ty, které byly dříve pozorovány s monomerními bazemi nukleových kyselin, nukleosidy a nukleotidy. Bylo pozorovány rozdíly v chování kondenzovaných vrstev oligodeoxynukleotidů dT30 a dC30 v důsledku rozdílných fyzikálně-chemických a elektrochemických vlastností thyminu a cytosinu. Kondenzovaný film ODN vzniká reorientací ODN molekul adsorbovaných na povrchu elektrody, ke které dochází i když v okolním roztoku žádné ODN molekuly nejsou. Homopurinové oligodeoxynukleotidy netvoří 2D kondenzované monovrstvy. Je uvedena předběžná termodynamická analyza kondenzovaných vrstev ODN.

Links

GA202/08/1688, research and development project
Name: Využití fyzikálních metod studia adsorpce nukleových kyselin a proteinů na rozhraních v lékařské diagnostice a při studiu biokompatibility
GA203/07/1195, research and development project
Name: Analýza struktury a interakcí DNA pomocí elektrochemických technik a chemických sond. Nové metody a senzory pro detekci poškození DNA