Detailed Information on Publication Record
2008
From Simple Regulatory Motifs to Parallel Model Checking of Complex Transcriptional Networks
BARNAT, Jiří, Luboš BRIM, Ivana ČERNÁ, Sven DRAŽAN, David ŠAFRÁNEK et. al.Basic information
Original name
From Simple Regulatory Motifs to Parallel Model Checking of Complex Transcriptional Networks
Name in Czech
Od jednoduchých regulačních motivů k ověřování komplexních transkripčních sítí
Authors
BARNAT, Jiří (203 Czech Republic), Luboš BRIM (203 Czech Republic), Ivana ČERNÁ (203 Czech Republic), Sven DRAŽAN (203 Czech Republic) and David ŠAFRÁNEK (203 Czech Republic, guarantor)
Edition
Budapest, Proceedings of PDMC 2008 - Parallel and Distributed Methods ins VerifiCation, p. 83-96, 15 pp. 2008
Publisher
Ivana Cerna and Gerald Luettgen
Other information
Language
English
Type of outcome
Stať ve sborníku
Field of Study
10201 Computer sciences, information science, bioinformatics
Country of publisher
Czech Republic
Confidentiality degree
není předmětem státního či obchodního tajemství
RIV identification code
RIV/00216224:14330/08:00024175
Organization unit
Faculty of Informatics
ISSN
Keywords in English
transcriptional networks; model checking; B. subtilis
Tags
International impact, Reviewed
Změněno: 31/3/2010 15:34, prof. RNDr. Ivana Černá, CSc.
V originále
The central mechanism which drives every living cell is protein synthesis, the so-called transcription, which is realized according to the genetic code. There are complex regulatory interactions that control transcription of genes to proteins. Owing to their inherent complexity, analysis of dynamical models of such interactions requires a scalable computational approach. In this paper we employ parallel LTL model checking for a case study of selected dynamic properties of an in silico model of transcription in Bacillus subtilis, a bacterium living in soil. Moreover, we show the general fact that crucial LTL properties characterising transcriptional dynamics can be inferred from network motifs commonly studied in systems biology.
In Czech
Centrálním mechanismem, jenž řídí funkčnost každého živého organismů, je syntéza proteinů, tzv. transkripce, realizovaná dle genetického kódu. Transkripce je řízena netriviálními interakcemi na biochemické bázi, které ovlivňují míru transkripce jednotlivých proteinů. Analýza dynamických aspektů transkripce na úrovni in silico modelů tudíž vyžaduje škálovatelné výpočetní metody. V tomto článku je ukázáno, jak inherentní vlastnosti transkripčních mechanismů (identifikovány prostřednictvím určitých motivů) lze analyzovat na úrovni abstraktního kvalitativního modelu prostřednictvím metody ověřování modelů. Použití metody je demonstrováno na analýze transkripce proteinů zajišťujících sporulaci bakterie Bacilus subtilis.
Links
| MSM0021622419, plan (intention) |
| ||
| 1ET408050503, research and development project |
| ||
| 1M0545, research and development project |
|