ZOBANÍKOVÁ, Marie, Petra MATĚJKOVÁ, Michal STROUHAL, Darina ČEJKOVÁ and David ŠMAJS. Sekvenace genomu Treponema pallidum subspecies pertenue Samoa D: srovnání tří metod celogenomové sekvenace. (Sequencing of Treponema pallidum subspecies pertenue Samoa D genome: comparison of three methods of whole genome sequencing.). In XII. Setkání biochemiků a molekulárních biologů. Sborník příspěvků. Brno: Masarykova univerzita, 2008. p. 19-20, 2 pp. ISBN 978-80-210-4526-2.
Other formats:   BibTeX LaTeX RIS
Basic information
Original name Sekvenace genomu Treponema pallidum subspecies pertenue Samoa D: srovnání tří metod celogenomové sekvenace.
Name in Czech Sekvenace genomu Treponema pallidum subspecies pertenue Samoa D: srovnání tří metod celogenomové sekvenace.
Name (in English) Sequencing of Treponema pallidum subspecies pertenue Samoa D genome: comparison of three methods of whole genome sequencing.
Authors ZOBANÍKOVÁ, Marie, Petra MATĚJKOVÁ, Michal STROUHAL, Darina ČEJKOVÁ and David ŠMAJS.
Edition Brno, XII. Setkání biochemiků a molekulárních biologů. Sborník příspěvků. p. 19-20, 2 pp. 2008.
Publisher Masarykova univerzita
Other information
Original language Czech
Type of outcome Proceedings paper
Field of Study Genetics and molecular biology
Country of publisher Czech Republic
Confidentiality degree is not subject to a state or trade secret
Organization unit Faculty of Medicine
ISBN 978-80-210-4526-2
Keywords in English Treponema pallidum; CGS; pyrosequencing; Solexa; Sanger sequencing
Tags CGS, pyrosekvencování, Sangrovo sekvencování, Solexa, Treponema pallidum
Changed by Changed by: Mgr. Marie Zobaníková, Ph.D., učo 177725. Changed: 7/4/2010 16:47.
Abstract
Kmen Samoa D (Treponema pallidum subsp. pertenue), původce onemocnění yaws, je blízce příbuzný syfilitickému kmeni Nichols (Treponema pallidum subsp. pallidum) o známé genomové sekvenci. Pro odhalení podstaty rozdílů v klinické manifestaci syfilis a yaws bylo tedy nezbytné určit kompletní nukleotidovou sekvenci T. pallidum subsp. pertenue. Genom kmene Samoa D byl nejprve sekvencován pomocí komparativní genomové sekvenace (CGS) a pyrosekvencování (454 Life Sciences). Později byl tento genom sekvencován také metodou firmy Solexa. Jako referenční metoda pro vyhodnocení správné sekvence v místech rozdílů mezi sekvencemi a pro vyplnění mezer mezi kontigy bylo použito Sangerovo sekvencování.
Abstract (in English)
Sequencing of Treponema pallidum subspecies pertenue Samoa D genome using three whole genome sequencing methods is described.
Links
GA310/07/0321, research and development projectName: Komparativní genomové sekvencování patogenních treponem a transkriptomová analýza T. pallidum ssp. pallidum
Investor: Czech Science Foundation, Standard Projects
MSM0021622415, plan (intention)Name: Molekulární podstata buněčných a tkáňových regulací
Investor: Ministry of Education, Youth and Sports of the CR, Research Intents
NR8967, research and development projectName: Molekulární typizace kmenů a izolátů Treponema pallidum subsp. pallidum: základ pro epidemiologickou a klinickou identifikaci jednotlivých kmenů
Investor: Ministry of Health of the CR, Ministry of Agriculture R&D Programme
PrintDisplayed: 5/4/2020 03:37