Sekvenace genomu Treponema pallidum subspecies pertenue Samoa
D: srovnání  tří metod celogenomové sekvenace.

D 2008

Sekvenace genomu Treponema pallidum subspecies pertenue Samoa D: srovnání tří metod celogenomové sekvenace.

ZOBANÍKOVÁ, Marie, Petra MATĚJKOVÁ, Michal STROUHAL, Darina ČEJKOVÁ, David ŠMAJS et. al.

Basic information

Original name

Sekvenace genomu Treponema pallidum subspecies pertenue Samoa D: srovnání tří metod celogenomové sekvenace.

Name in Czech

Sekvenace genomu Treponema pallidum subspecies pertenue Samoa D: srovnání tří metod celogenomové sekvenace.

Name (in English)

Sequencing of Treponema pallidum subspecies pertenue Samoa D genome: comparison of three methods of whole genome sequencing.

Authors

ZOBANÍKOVÁ, Marie, Petra MATĚJKOVÁ, Michal STROUHAL, Darina ČEJKOVÁ and David ŠMAJS

Edition

Brno, XII. Setkání biochemiků a molekulárních biologů. Sborník příspěvků. p. 19-20, 2 pp. 2008

Publisher

Masarykova univerzita

Other information

Language

Czech

Type of outcome

Stať ve sborníku

Field of Study

Genetics and molecular biology

Country of publisher

Czech Republic

Confidentiality degree

není předmětem státního či obchodního tajemství

Organization unit

Faculty of Medicine

ISBN

978-80-210-4526-2

Keywords in English

Treponema pallidum; CGS; pyrosequencing; Solexa; Sanger sequencing

Abstract

ORIG EN

V originále

Kmen Samoa D (Treponema pallidum subsp. pertenue), původce onemocnění yaws, je blízce příbuzný syfilitickému kmeni Nichols (Treponema pallidum subsp. pallidum) o známé genomové sekvenci. Pro odhalení podstaty rozdílů v klinické manifestaci syfilis a yaws bylo tedy nezbytné určit kompletní nukleotidovou sekvenci T. pallidum subsp. pertenue. Genom kmene Samoa D byl nejprve sekvencován pomocí komparativní genomové sekvenace (CGS) a pyrosekvencování (454 Life Sciences). Později byl tento genom sekvencován také metodou firmy Solexa. Jako referenční metoda pro vyhodnocení správné sekvence v místech rozdílů mezi sekvencemi a pro vyplnění mezer mezi kontigy bylo použito Sangerovo sekvencování.

In English

Sequencing of Treponema pallidum subspecies pertenue Samoa D genome using three whole genome sequencing methods is described.

Links

GA310/07/0321, research and development project

Name: Komparativní genomové sekvencování patogenních treponem a transkriptomová analýza T. pallidum ssp. pallidum

Investor: Czech Science Foundation

MSM0021622415, plan (intention)

Name: Molekulární podstata buněčných a tkáňových regulací

Investor: Ministry of Education, Youth and Sports of the CR, Molecular basis of cell and tissue regulations

NR8967, research and development project

Name: Molekulární typizace kmenů a izolátů Treponema pallidum subsp. pallidum: základ pro epidemiologickou a klinickou identifikaci jednotlivých kmenů

Investor: Ministry of Health of the CR

Citovat

ZOBANÍKOVÁ, Marie, Petra MATĚJKOVÁ, Michal STROUHAL, Darina ČEJKOVÁ and David ŠMAJS. Sekvenace genomu Treponema pallidum subspecies pertenue Samoa D: srovnání tří metod celogenomové sekvenace. (Sequencing of Treponema pallidum subspecies pertenue Samoa D genome: comparison of three methods of whole genome sequencing.). In XII. Setkání biochemiků a molekulárních biologů. Sborník příspěvků. Brno: Masarykova univerzita, 2008, p. 19-20. ISBN 978-80-210-4526-2.

@inproceedings{768630,
   author = {Zobaníková, Marie and Matějková, Petra and Strouhal, Michal and Čejková, Darina and Šmajs, David},
   address = {Brno},
   booktitle = {XII. Setkání biochemiků a molekulárních biologů. Sborník příspěvků.},
   keywords = {Treponema pallidum; CGS; pyrosequencing; Solexa; Sanger sequencing},
   language = {cze},
   location = {Brno},
   isbn = {978-80-210-4526-2},
   pages = {19-20},
   publisher = {Masarykova univerzita},
   title = {Sekvenace genomu Treponema pallidum subspecies pertenue Samoa D: srovnání tří metod celogenomové sekvenace.},
   year = {2008}
}

TY  - JOUR
ID  - 768630
AU  - Zobaníková, Marie - Matějková, Petra - Strouhal, Michal - Čejková, Darina - Šmajs, David
PY  - 2008
TI  - Sekvenace genomu Treponema pallidum subspecies pertenue Samoa D: srovnání tří metod celogenomové sekvenace.
PB  - Masarykova univerzita
CY  - Brno
SN  - 9788021045262
KW  - Treponema pallidum
KW  - CGS
KW  - pyrosequencing
KW  - Solexa
KW  - Sanger sequencing
N2  - Kmen Samoa D (Treponema pallidum subsp. pertenue), původce onemocnění yaws, je blízce příbuzný syfilitickému kmeni Nichols (Treponema pallidum subsp. pallidum) o známé genomové sekvenci. Pro odhalení podstaty rozdílů v klinické manifestaci syfilis a yaws bylo tedy nezbytné určit kompletní nukleotidovou sekvenci T. pallidum subsp. pertenue. Genom kmene Samoa D byl nejprve sekvencován pomocí komparativní genomové sekvenace (CGS) a pyrosekvencování (454 Life Sciences). Později byl tento genom sekvencován také metodou firmy Solexa. Jako referenční metoda pro vyhodnocení správné sekvence v místech rozdílů mezi sekvencemi a pro vyplnění mezer mezi kontigy bylo použito Sangerovo sekvencování.
ER  -

ZOBANÍKOVÁ, Marie, Petra MATĚJKOVÁ, Michal STROUHAL, Darina ČEJKOVÁ and David ŠMAJS. Sekvenace genomu Treponema pallidum subspecies pertenue Samoa D: srovnání tří metod celogenomové sekvenace. (Sequencing of Treponema pallidum subspecies pertenue Samoa D genome: comparison of three methods of whole genome sequencing.). In \textit{XII. Setkání biochemiků a molekulárních biologů. Sborník příspěvků.}. Brno: Masarykova univerzita, 2008, p.~19-20. ISBN~978-80-210-4526-2.

Detailed Information on Publication Record