ZOBANÍKOVÁ, Marie, Petra MATĚJKOVÁ, Michal STROUHAL, Darina ČEJKOVÁ and David ŠMAJS. Celogenomové sekvenační metody: srovnání 3 metod při sekvenaci genomu Treponema pallidum subspecies pertenue Samoa D. (Whole genome sequencing methods: comparison of 3 methods used in the sequencing of Treponema pallidum subspecies pertenue Samoa D genome.). In Tomáškovy dny 2008, sborník abstraktů. 2008.
Other formats:   BibTeX LaTeX RIS
Basic information
Original name Celogenomové sekvenační metody: srovnání 3 metod při sekvenaci genomu Treponema pallidum subspecies pertenue Samoa D.
Name in Czech Celogenomové sekvenační metody: srovnání 3 metod při sekvenaci genomu Treponema pallidum subspecies pertenue Samoa D.
Name (in English) Whole genome sequencing methods: comparison of 3 methods used in the sequencing of Treponema pallidum subspecies pertenue Samoa D genome.
Authors ZOBANÍKOVÁ, Marie (203 Czech Republic), Petra MATĚJKOVÁ (203 Czech Republic), Michal STROUHAL (203 Czech Republic), Darina ČEJKOVÁ (203 Czech Republic) and David ŠMAJS (203 Czech Republic, guarantor).
Edition Tomáškovy dny 2008, sborník abstraktů. 2008.
Other information
Original language Czech
Type of outcome Conference abstract
Field of Study Genetics and molecular biology
Country of publisher Czech Republic
Confidentiality degree is not subject to a state or trade secret
RIV identification code RIV/00216224:14110/08:00024753
Organization unit Faculty of Medicine
Keywords in English CGS; pyrosequencing; Solexa;
Tags CGS, pyrosekvencování, Solexa
Changed by Changed by: Mgr. Marie Zobaníková, Ph.D., učo 177725. Changed: 7/4/2010 16:45.
Abstract
Treponema pallidum subsp. pertenue, původce tropického kožního onemocnění yaws, nelze morfologicky, serologicky ani imunologicky odlišit od poddruhu pallidum, původce venerologického onemocnění syfilis (Treponema pallidum subsp. pallidum). K určení podstaty rozdílů v klinické manifestaci obou onemocnění byla stanovena kompletní nukleotidová sekvence genomu T. pallidum subsp. pertenue. Sekvenace genomu Treponema pallidum subsp. pertenue Samoa D byla provedena metodou komparativní genomové sekvenace (CGS, NimbleGen), pyrosekvencováním (454 Life Sciences) a metodou firmy Solexa. Sekvence jednotlivých metod pak byly zpětně porovnány s kompletní sekvencí. Celková délka genomu kmene Samoa D je 1 139 296 bp. Vyhodnocení počtu chyb bylo provedeno jen v místech genomu, kde se sekvence všech metod překrývaly a mimo oblasti tpr genů.
Abstract (in English)
Treponema pallidum ssp. pertenue, the causative agent of tropical dermal disease yaws can not be morphologically, serologically nor immunologically distinguished from subspecies pallidum, the causative agent of venereal disease syphilis. To elucidate genetic background of the differences in clinical manifestations of both diseases, complete genome sequence of T. pallidum ssp. pertenue was determined. For genome sequencing of Treponema pallidum ssp. pertenue Samoa D, comparative genome sequencing (CGS, NimbleGen), pyrosequencing (454 Life Sciences) and Solexa sequencing technology were used. Sequences of all three methods were eventually compared to the complete genome sequence. The size of Samoa D strain genome is 1,139,296 bp. Numbers of errors were determined in cases where data from all three methods was available (tpr genes were excluded). Lasergene software was used for processing of the sequences.
Links
GA310/07/0321, research and development projectName: Komparativní genomové sekvencování patogenních treponem a transkriptomová analýza T. pallidum ssp. pallidum
Investor: Czech Science Foundation
MSM0021622415, plan (intention)Name: Molekulární podstata buněčných a tkáňových regulací
Investor: Ministry of Education, Youth and Sports of the CR, Molecular basis of cell and tissue regulations
NR8967, research and development projectName: Molekulární typizace kmenů a izolátů Treponema pallidum subsp. pallidum: základ pro epidemiologickou a klinickou identifikaci jednotlivých kmenů
Investor: Ministry of Health of the CR
PrintDisplayed: 6/5/2024 19:30