Celogenomové sekvenační metody: srovnání 3 metod při sekvenaci genomu Treponema pallidum subspecies ...
ZOBANÍKOVÁ, Marie, Petra MATĚJKOVÁ, Michal STROUHAL, Darina ČEJKOVÁ and David ŠMAJS. Celogenomové sekvenační metody: srovnání 3 metod při sekvenaci genomu Treponema pallidum subspecies pertenue Samoa D. (Whole genome sequencing methods: comparison of 3 methods used in the sequencing of Treponema pallidum subspecies pertenue Samoa D genome.). In Tomáškovy dny 2008, sborník abstraktů. 2008. |
Other formats:
BibTeX
LaTeX
RIS
|
Basic information | |
---|---|
Original name | Celogenomové sekvenační metody: srovnání 3 metod při sekvenaci genomu Treponema pallidum subspecies pertenue Samoa D. |
Name in Czech | Celogenomové sekvenační metody: srovnání 3 metod při sekvenaci genomu Treponema pallidum subspecies pertenue Samoa D. |
Name (in English) | Whole genome sequencing methods: comparison of 3 methods used in the sequencing of Treponema pallidum subspecies pertenue Samoa D genome. |
Authors | ZOBANÍKOVÁ, Marie (203 Czech Republic), Petra MATĚJKOVÁ (203 Czech Republic), Michal STROUHAL (203 Czech Republic), Darina ČEJKOVÁ (203 Czech Republic) and David ŠMAJS (203 Czech Republic, guarantor). |
Edition | Tomáškovy dny 2008, sborník abstraktů. 2008. |
Other information | |
---|---|
Original language | Czech |
Type of outcome | Conference abstract |
Field of Study | Genetics and molecular biology |
Country of publisher | Czech Republic |
Confidentiality degree | is not subject to a state or trade secret |
RIV identification code | RIV/00216224:14110/08:00024753 |
Organization unit | Faculty of Medicine |
Keywords in English | CGS; pyrosequencing; Solexa; |
Tags | CGS, pyrosekvencování, Solexa |
Changed by | Changed by: Mgr. Marie Zobaníková, Ph.D., učo 177725. Changed: 7/4/2010 16:45. |
Abstract |
---|
Treponema pallidum subsp. pertenue, původce tropického kožního onemocnění yaws, nelze morfologicky, serologicky ani imunologicky odlišit od poddruhu pallidum, původce venerologického onemocnění syfilis (Treponema pallidum subsp. pallidum). K určení podstaty rozdílů v klinické manifestaci obou onemocnění byla stanovena kompletní nukleotidová sekvence genomu T. pallidum subsp. pertenue. Sekvenace genomu Treponema pallidum subsp. pertenue Samoa D byla provedena metodou komparativní genomové sekvenace (CGS, NimbleGen), pyrosekvencováním (454 Life Sciences) a metodou firmy Solexa. Sekvence jednotlivých metod pak byly zpětně porovnány s kompletní sekvencí. Celková délka genomu kmene Samoa D je 1 139 296 bp. Vyhodnocení počtu chyb bylo provedeno jen v místech genomu, kde se sekvence všech metod překrývaly a mimo oblasti tpr genů. |
Abstract (in English) |
---|
Treponema pallidum ssp. pertenue, the causative agent of tropical dermal disease yaws can not be morphologically, serologically nor immunologically distinguished from subspecies pallidum, the causative agent of venereal disease syphilis. To elucidate genetic background of the differences in clinical manifestations of both diseases, complete genome sequence of T. pallidum ssp. pertenue was determined. For genome sequencing of Treponema pallidum ssp. pertenue Samoa D, comparative genome sequencing (CGS, NimbleGen), pyrosequencing (454 Life Sciences) and Solexa sequencing technology were used. Sequences of all three methods were eventually compared to the complete genome sequence. The size of Samoa D strain genome is 1,139,296 bp. Numbers of errors were determined in cases where data from all three methods was available (tpr genes were excluded). Lasergene software was used for processing of the sequences. |
Links | |
---|---|
GA310/07/0321, research and development project | Name: Komparativní genomové sekvencování patogenních treponem a transkriptomová analýza T. pallidum ssp. pallidum |
Investor: Czech Science Foundation | |
MSM0021622415, plan (intention) | Name: Molekulární podstata buněčných a tkáňových regulací |
Investor: Ministry of Education, Youth and Sports of the CR, Molecular basis of cell and tissue regulations | |
NR8967, research and development project | Name: Molekulární typizace kmenů a izolátů Treponema pallidum subsp. pallidum: základ pro epidemiologickou a klinickou identifikaci jednotlivých kmenů |
Investor: Ministry of Health of the CR |
PrintDisplayed: 6/5/2024 19:30