Bioinformatické vyhledávání lektinů z hub a plísní

KOMÁREK, Jan, Lenka MALINOVSKÁ and Michaela WIMMEROVÁ. Bioinformatické vyhledávání lektinů z hub a plísní (Bioinformatical search of lectins from molds and mushrooms). In XXI. biochemický sjezd, program, sborník přednášek a posterů. České Budějovice: Česká společnost pro biochemii a molekulární biologii, 2008, p. 190-190. ISBN 80-86313-21-2.

Basic information

• Original name: Bioinformatické vyhledávání lektinů z hub a plísní
• Name (in English): Bioinformatical search of lectins from molds and mushrooms
• Authors: KOMÁREK, Jan, Lenka MALINOVSKÁ and Michaela WIMMEROVÁ.
• Edition: České Budějovice, XXI. biochemický sjezd, program, sborník přednášek a posterů, p. 190-190, 1 pp. 2008.
• Publisher: Česká společnost pro biochemii a molekulární biologii

Other information

• Original language: Czech
• Type of outcome: Proceedings paper
• Field of Study: 10600 1.6 Biological sciences
• Country of publisher: Czech Republic
• Confidentiality degree: is not subject to a state or trade secret
• Organization unit: Faculty of Science
• ISBN: 80-86313-21-2
• Keywords in English: lectins; bioinformatics
• Tags: bioinformatics, Lectins
• Tags: International impact

Abstract

Lektiny jsou proteiny nebo glykoproteiny neimunitního původu schopné rozpoznávat a reverzibilně vázat různé sacharidové struktury. Tato práce se zabývá bioinformatickým vyhledáváním a analýzou lektinů z hub a plísní. Na základě sekvenční podobnosti byly identifikovány houbové proteiny podobné známým lektinům. Pro nalezené potenciální lektiny a proteiny s lektinovou doménou byla predikována 3D struktura. Většina proteinů vykazovala strukturní podobnost s lektiny zařazenými do některé z rodin houbových lektinů (A. aurantia, C. cinereus, P. cornucopiae, F. velutipes a ricinová rodina) a je pravděpodobné, že se jedná o nové zástupce těchto rodin. Dále byly nalezeny houbové proteiny podobné lektinům z L. sulphureus, S. sclerotiorum a P. velutina a rostlinným mannosa-specifickým lektinům.

Abstract (in English)

Lectins are multivalent proteins or glycoproteins of non-immunogenic origin which recognize and bind reversibly to diverse sugar structures. This study deals with bioinformatical search and analysis of lectins from molds and mushrooms. Fungal proteins similar to known lectins were identified based on sequence similarity. 3D structures of potential lectins and proteins with lectin domain were predicted. Majority of proteins share structure similarity with lectins classified into fungal lectin families (A. aurantia, C. cinereus, P. cornucopiae, F. velutipes and ricin family). They are probably new members of fungal lectin families. There were also identified fungal proteins similar to lectins from L. sulphureus, S. sclerotiorum and P. velutina as well as to plant mannose specific lectins.

Links

• MSM0021622413, plan (intention): Name: Proteiny v metabolismu a při interakci organismů s prostředím

Investor: Ministry of Education, Youth and Sports of the CR, Proteins in metabolism and interaction of organisms with the environment