Identifikace a typizace bakterií systémem RiboPrinter.

ŠVEC, Pavel. Identifikace a typizace bakterií systémem RiboPrinter. (Identification and typing of bacteria by using the RiboPrinter system.). In Sympózium Mikrobiální identifikace 2008. 2008.

Basic information

• Original name: Identifikace a typizace bakterií systémem RiboPrinter.
• Name (in English): Identification and typing of bacteria by using the RiboPrinter system.
• Authors: ŠVEC, Pavel.
• Edition: Sympózium Mikrobiální identifikace 2008, 2008.

Other information

• Original language: Czech
• Type of outcome: Requested lectures
• Field of Study: 10600 1.6 Biological sciences
• Country of publisher: Czech Republic
• Confidentiality degree: is not subject to a state or trade secret
• Organization unit: Faculty of Science

Abstract

Ribotypizace je druhově až kmenově specifická molekulárně-biologická metoda využívaná v taxonomii bakterií. Je založená na selektivní hybridizaci a následné detekci restrikčních fragmentů nesoucích geny pro ribozomální RNA. Ribotypizace byla popsána a poprvé použita pro identifikaci bakterií v roce 1986 (Grimont a Grimont, 1986, Ann. Inst. Pasteur/Microbiol., 137B: 165-175) a v následujících letech byla aplikována pro typizaci různých bakteriálních skupin. Její provedení - tzv. manuální ribotypizace - je však časově i instrumentálně náročný proces, často s nízkou mezilaboratorní reprodukovatelností výsledků. Automatizace ribotypizace byla umožněna komerčním systémem RiboPrinter Microbial Identification System (DuPont Qualicon, USA), který významně urychluje celý proces ribotypizace a poskytuje vysoce standardní výsledky. RiboPrinter umožňuje jednak charakterizaci kmene (to je stanovení ribotypu) a díky dodávané databázi ribotypů, obsahující 6448 ribotypů referenčních bakteriálních kmenů, také eventuální identifikaci neznámého izolátu. V rámci této přednášky budou popsány základní principy, postup provedení a výhody i nevýhody manuální a automatické ribotypizace. Jako příklad využití systému RiboPrinter budou prezentovány výsledky automatické ribotypizace zástupců druhu Streptococcus mutans z humánního klinického materiálu. Podpořeno projekty MSM0021622416 a 1M0528.

Abstract (in English)

Identification and typing of bacteria by using the RiboPrinter system.

Links

• MSM0021622416, plan (intention): Name: Diverzita biotických společenstev a populací: kauzální analýza variability v prostoru a čase

Investor: Ministry of Education, Youth and Sports of the CR, Diversity of Biotic Communities and Populations: Causal Analysis of variation in space and time

• 1M0528, research and development project: Name: Stomatologické výzkumné centrum

Investor: Ministry of Education, Youth and Sports of the CR, Dental research centre