SVOZIL, Daniel, Judit SPONER, Ivan MARCHAN, Alberto PEREZ, Thomas CHEATHAM, Ferda FORTI, Javier LUQUE, Modesto OROZCO a Jiri SPONER. Geometrical and Electronic Structure Variability of the Sugar-phosphate Backbone in Nucleic Acids. Journal of Physical Chemistry B. roč. 112, č. 27, s. 8188–8197. ISSN 1520-6106. 2008.
Další formáty:   BibTeX LaTeX RIS
Základní údaje
Originální název Geometrical and Electronic Structure Variability of the Sugar-phosphate Backbone in Nucleic Acids
Název česky Geometrická a elektronická strukturní variabilita cukr-fosfátové páteře v nukleových kyselinách.
Autoři SVOZIL, Daniel (203 Česká republika), Judit SPONER (348 Maďarsko), Ivan MARCHAN (724 Španělsko), Alberto PEREZ (724 Španělsko), Thomas CHEATHAM (840 Spojené státy), Ferda FORTI (724 Španělsko), Javier LUQUE (724 Španělsko), Modesto OROZCO (724 Španělsko) a Jiri SPONER (203 Česká republika, garant).
Vydání Journal of Physical Chemistry B, 2008, 1520-6106.
Další údaje
Originální jazyk angličtina
Typ výsledku Článek v odborném periodiku
Obor 10610 Biophysics
Stát vydavatele Česká republika
Utajení není předmětem státního či obchodního tajemství
Impakt faktor Impact factor: 4.189
Kód RIV RIV/00216224:14310/08:00026550
Organizační jednotka Přírodovědecká fakulta
UT WoS 000257335200031
Klíčová slova anglicky Molecular dynamics; force field; quantum chemistry; nucleic acids
Štítky force field, molecular dynamics, nucleic acids, quantum chemistry
Změnil Změnil: prof. RNDr. Jiří Šponer, DrSc., učo 28764. Změněno: 24. 6. 2009 10:38.
Anotace
Quantum chemistry was used to describe alpha/gamma energetics and to access Amber force field parm99 and parmbsc0. This was tested on two models systems: SPM consisting of a sugar and methyl group linked through a phosphodiester bond and SPSOM consisting of two deoxyribose residues (without the bases) connected via a phosphodiester bond. A comparison of the ab initio data with the ff99 potential energy surface clearly reveals an incorrect ff99 force-field description in the regions where the gamma torsion is in the trans conformation.
Anotace česky
Kvantová chemie byla využita k popisu energetiky alfa/gama a k ohodnocení ambrovských silových polí parm99 a parmbsc0. Byly testovány dva modelové systémy: SPM sestávající se z cukru a methylové skupiny připojené přes fosfodiesterovou vazbu a SPSOM sestávající se z dvou deoxyribóz (bez bází) spojených přes fosfodiesterovou vazbu. Srovnání ab intio dat s potenciální energií silového pole parm99 jasně ukazuje, že parm99 nesprávně popisuje region kde gama torze je v trans konformaci.
Návaznosti
MSM0021622413, záměrNázev: Proteiny v metabolismu a při interakci organismů s prostředím
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Proteiny v metabolismu a při interakci organismů s prostředím
VytisknoutZobrazeno: 28. 3. 2024 19:13