J 2008

Geometrical and Electronic Structure Variability of the Sugar-phosphate Backbone in Nucleic Acids

SVOZIL, Daniel, Judit SPONER, Ivan MARCHAN, Alberto PEREZ, Thomas CHEATHAM et. al.

Základní údaje

Originální název

Geometrical and Electronic Structure Variability of the Sugar-phosphate Backbone in Nucleic Acids

Název česky

Geometrická a elektronická strukturní variabilita cukr-fosfátové páteře v nukleových kyselinách.

Autoři

SVOZIL, Daniel (203 Česká republika), Judit SPONER (348 Maďarsko), Ivan MARCHAN (724 Španělsko), Alberto PEREZ (724 Španělsko), Thomas CHEATHAM (840 Spojené státy), Ferda FORTI (724 Španělsko), Javier LUQUE (724 Španělsko), Modesto OROZCO (724 Španělsko) a Jiri SPONER (203 Česká republika, garant)

Vydání

Journal of Physical Chemistry B, 2008, 1520-6106

Další údaje

Jazyk

angličtina

Typ výsledku

Článek v odborném periodiku

Obor

10610 Biophysics

Stát vydavatele

Česká republika

Utajení

není předmětem státního či obchodního tajemství

Impakt faktor

Impact factor: 4.189

Kód RIV

RIV/00216224:14310/08:00026550

Organizační jednotka

Přírodovědecká fakulta

UT WoS

000257335200031

Klíčová slova anglicky

Molecular dynamics; force field; quantum chemistry; nucleic acids

Štítky

force field, molecular dynamics, nucleic acids, quantum chemistry
Změněno: 24. 6. 2009 10:38, prof. RNDr. Jiří Šponer, DrSc.

Anotace

ORIG CZ

V originále

Quantum chemistry was used to describe alpha/gamma energetics and to access Amber force field parm99 and parmbsc0. This was tested on two models systems: SPM consisting of a sugar and methyl group linked through a phosphodiester bond and SPSOM consisting of two deoxyribose residues (without the bases) connected via a phosphodiester bond. A comparison of the ab initio data with the ff99 potential energy surface clearly reveals an incorrect ff99 force-field description in the regions where the gamma torsion is in the trans conformation.

Česky

Kvantová chemie byla využita k popisu energetiky alfa/gama a k ohodnocení ambrovských silových polí parm99 a parmbsc0. Byly testovány dva modelové systémy: SPM sestávající se z cukru a methylové skupiny připojené přes fosfodiesterovou vazbu a SPSOM sestávající se z dvou deoxyribóz (bez bází) spojených přes fosfodiesterovou vazbu. Srovnání ab intio dat s potenciální energií silového pole parm99 jasně ukazuje, že parm99 nesprávně popisuje region kde gama torze je v trans konformaci.

Návaznosti

MSM0021622413, záměr
Název: Proteiny v metabolismu a při interakci organismů s prostředím
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Proteiny v metabolismu a při interakci organismů s prostředím
Zobrazeno: 14. 11. 2024 14:18