J 2008

General Base Catalysis for Cleavage by the Active-Site Cytosine of the Hepatitis Delta Virus Ribozyme: QM/MM Calculations Establish Chemical Feasibility

BANAS, Pavel; Lubomir RULISEK; Veronika HANOSOVA; Daniel SVOZIL; Nils WALTER et. al.

Základní údaje

Originální název

General Base Catalysis for Cleavage by the Active-Site Cytosine of the Hepatitis Delta Virus Ribozyme: QM/MM Calculations Establish Chemical Feasibility

Název česky

General base katalýza štěpení aktivním cytosinem HDVr: QM/MM výpočty prokazují chemickou proveditelnost

Autoři

BANAS, Pavel; Lubomir RULISEK; Veronika HANOSOVA; Daniel SVOZIL; Nils WALTER; Jiri SPONER a Michal OTYEPKA

Vydání

Journal of Physical Chemistry B, 2008, 1520-6106

Další údaje

Jazyk

angličtina

Typ výsledku

Článek v odborném periodiku

Obor

10610 Biophysics

Stát vydavatele

Česká republika

Utajení

není předmětem státního či obchodního tajemství

Impakt faktor

Impact factor: 4.189

Kód RIV

RIV/00216224:14310/08:00026551

Organizační jednotka

Přírodovědecká fakulta

UT WoS

000258800300054

Klíčová slova anglicky

quantum chemistry; molecular mechanical calculation; HDVr

Štítky

Změněno: 24. 6. 2009 10:36, prof. RNDr. Jiří Šponer, DrSc.

Anotace

ORIG CZ

V originále

Investigation of active-site nucleotide C75 role in self-cleavage of HDVr. For this purpose quantum chemical/molecular mechanical calculations were carried out. Calculations show that C75 is readily capable of acting as the general base, in concert with the hydrated magnesium ion as the general acid. The calculated energy barrier of the proposed mechanism, minus 20 kcal/mol, would lower the reaction barrier by minus15 kcal/mol compared with the uncatalyzed reaction and is in good agreement with experimental data.

Česky

Studium nukleotidu C75 v aktivním místě při samoštěpící reakci HDVr. K tomuto účelu byly provedeny kvantově chemické a molekulově mechanické výpočty. Výpočty ukazují, že C75 může snadno fungovat jako general base ve shodě s hydratovaným hořečnatým iontem jako general acid. Vypočtená energetická bariera pro navržený mechanismus (minus20 kcal/mol) by snížila reakční barieru o minus15 kcal/mol ve srovnání s nekatalyzovanou reakcí a je v dobré shodě s experimentálními daty.

Návaznosti

LC06030, projekt VaV
Název: Biomolekulární centrum
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Biomolekulární centrum
MSM0021622413, záměr
Název: Proteiny v metabolismu a při interakci organismů s prostředím
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Proteiny v metabolismu a při interakci organismů s prostředím