BENEŠ, Petr, Petr MEDEK a Jiří SOCHOR. Computation of more channels in protein molecules. Online. In Proceedings of Visual Computing for Biomedicine. Aire-la-Ville, Switzerland: Eurographics Association, 2008. s. 45-51. ISBN 978-3-905674-13-2. [citováno 2024-04-24]
Další formáty:   BibTeX LaTeX RIS
Základní údaje
Originální název Computation of more channels in protein molecules
Název česky Metody výpočtu více tunelů v molekulách proteinů
Autoři BENEŠ, Petr (203 Česká republika, garant), Petr MEDEK (203 Česká republika) a Jiří SOCHOR (203 Česká republika)
Vydání Aire-la-Ville, Switzerland, Proceedings of Visual Computing for Biomedicine, od s. 45-51, 7 s. 2008.
Nakladatel Eurographics Association
Další údaje
Originální jazyk angličtina
Typ výsledku Stať ve sborníku
Obor 20206 Computer hardware and architecture
Stát vydavatele Švýcarsko
Utajení není předmětem státního či obchodního tajemství
Kód RIV RIV/00216224:14330/08:00024968
Organizační jednotka Fakulta informatiky
ISBN 978-3-905674-13-2
Klíčová slova anglicky more channels;channel computation;protein;molecule
Štítky channel computation, molecule, more channels, PROTEIN
Příznaky Mezinárodní význam, Recenzováno
Změnil Změnil: RNDr. Petr Beneš, Ph.D., učo 60865. Změněno: 25. 1. 2010 12:24.
Anotace
In the process of designing drugs it is crucial to perform various analyses of cavities and channels in protein molecules. Chemists also require that more than one ideal channel be computed in a static protein molecule. Three basic approaches for computation of more than a single channel were introduced in recent publications. However, these approaches have several disadvantages. In this paper we propose a new adaptive method for computation of more channels. This new method is piloted on a real data and results are compared with channels identified by chemists as relevant. The comparison indicates that this method is a significant improvement over previous methods, as the method computes less number of similar and biochemically insignificant channels.
Anotace česky
V procesu návrhu léků je potřeba provádět různé analýzy dutin a tunelů v molekulách proteinů. Chemici vyžadují, aby byl vypočítán více než jeden tunel pro každou molekulu. Základní přístupy byly formulovány v nedávných publikacích. Tyto přístupy mají několik nevýhod. V této publikaci prezentujeme novou adaptivní metodu pro výpočet více tunelů. Nová metoda je otestována na reálných datech a výsledky jsou porovnány s anotovanými daty. Porovnání naznačuje, že tato metoda je výrazným zlepšením předchozích metod, protože počítá menší množství podobných biochemicky nedůležitých tunelů.
Návaznosti
GA201/07/0927, projekt VaVNázev: Vizualizace proteinových struktur
Investor: Grantová agentura ČR, Vizualice proteinových struktur
LC06008, projekt VaVNázev: Centrum počítačové grafiky (Akronym: CPG)
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, CPG - Centrum počítačové grafiky
VytisknoutZobrazeno: 24. 4. 2024 02:56