Detailed Information on Publication Record
2008
Biomarker discovery in low grade breast cancer using isobaric stable isotope tags and two-dimensional liquid chromatography-tandem mass spectrometry (iTRAQ-2DLC-MS/MS) based quantitative proteomic analysis
BOUCHAL, Pavel, Theodoros ROUMELIOTIS, Roman HRSTKA, Rudolf NENUTIL, Bořivoj VOJTĚŠEK et. al.Basic information
Original name
Biomarker discovery in low grade breast cancer using isobaric stable isotope tags and two-dimensional liquid chromatography-tandem mass spectrometry (iTRAQ-2DLC-MS/MS) based quantitative proteomic analysis
Name in Czech
Detekce potenciálních biomarkerů karcinomu prsu nízkého stupně malignity pomocí proteomové analýzy na principu isobarického značení stabilními izotopy, dvourozměrné chromatografie a tandemové hmotnostní spektrometrie (iTRAQ-2DLC-MS/MS)
Authors
BOUCHAL, Pavel, Theodoros ROUMELIOTIS, Roman HRSTKA, Rudolf NENUTIL, Bořivoj VOJTĚŠEK and Spiros D. GARBIS
Edition
Biomarker Discovery Europe, 2008
Other information
Language
English
Type of outcome
Konferenční abstrakt
Field of Study
10600 1.6 Biological sciences
Country of publisher
Ireland
Confidentiality degree
není předmětem státního či obchodního tajemství
Organization unit
Faculty of Medicine
Keywords in English
Biomarker discovery; iTRAQ-2DLC-MS/MS; breast cancer
Tags
International impact
Změněno: 13/11/2008 18:28, doc. Mgr. Pavel Bouchal, Ph.D.
V originále
The present pilot study constitutes a proof-of-principle in the use of proteomic method incorporating iTRAQ stable isotope labeling, two-dimensional liquid chromatography, nanoelectrospray ionization and high resolution tandem mass spectrometry using the hybrid QqTOF platform (iTRAQ-2DLC-MS/MS) for the comparative analysis of two low-grade breast primary tumor tissues with and without metastases and metastasis in lymph node relative to the nonmetastatic tumor type. The principal aims of this study were (1) to define the protein spectrum obtainable using this approach, and (2) to highlight potential candidates for verification and validation studies focused on biomarkers involved in metastatic processes in low-grade breast cancer. The study resulted in the reproducible identification of 605 nonredundant proteins (p<0.05). A quantitative comparison revealed 3/3 proteins with significantly increased/decreased level in metastatic primary tumor and 13/6 proteins with increased/decreased level in lymph node metastasis compared to nonmetastatic primary tumor (p<0.01). Changes in selected differentially expressed proteins were verified with qRT-PCR with good intra-assay correlation.
In Czech
Prezentovaná studie představuje první využití metody proteomové analýzy na principu kombinace značení stabilními izotopy, dvourozměrné chromatografie a tandemové hmotnostní spektrometrie (iTRAQ-2DLC-MS/MS) pro srovnání proteinového složení dvou primárních nádorů prsu nízkého stupně malignity (metastazující a nemetastazující) a metastáze v lymfatické uzlině. Hlavními cíli studie bylo: (1) definovat proteinové spektrum detegovatelné touto metodou a (2) odhalit protenciální kandidátní biomarkery pro následné ověřovací a validační studie. Pomocí studie bylo detegováno 605 proteinů (p<0.05), z nichž 3/3 proteiny měly zvýšenou/sníženou hladinu v metastazujícím primárním nádoru a 13/6 proteinů mělo zvýšenou/sníženou hladinou v metastázi v lymfatické uzlině ve srovnání s nemetastazujícím primárním nádorem. Změny v hladinách vybraných proteinů byly úspěšně validovány pomocí kvantitativní PCR v reálném čase.
Links
| GP203/07/P471, research and development project |
| ||
| LC06035, research and development project |
| ||
| MSM0021622413, plan (intention) |
| ||
| MZ0MOU2005, plan (intention) |
|