Detailed Information on Publication Record
2008
Effect of Counter Ions on Cross-Correlated Relaxation Rates in Nucleic Acids
TRANTÍREK, Lukáš, Vladimír SKLENÁŘ and Radovan FIALABasic information
Original name
Effect of Counter Ions on Cross-Correlated Relaxation Rates in Nucleic Acids
Name in Czech
Vliv protiiontů na kroskorelované relaxační rychlosti v nukleových kyselinách
Authors
TRANTÍREK, Lukáš, Vladimír SKLENÁŘ and Radovan FIALA
Edition
San Diego, XXIII International Conference on Magnetic Resonance in Biological Systems, p. 117-117, 2008
Publisher
ICMRBS
Other information
Language
English
Type of outcome
Stať ve sborníku
Field of Study
10610 Biophysics
Country of publisher
United States of America
Confidentiality degree
není předmětem státního či obchodního tajemství
Organization unit
Faculty of Science
Keywords in English
NMR; nucleic acids;structure;dynamics
Tags
Tags
International impact
Změněno: 21/1/2009 11:40, doc. RNDr. Radovan Fiala, CSc.
V originále
Studies of biomolecular structure and dynamics based on relaxation rates and induced chemical shifts generally assume that the chemical shift tensors for a particular type of nucleus are constant and independent of experimental conditions. We tested the validity of the assumption for different counterion types and ionic strengths in an extraordinary stable DNA hairpin d(GCGAAGC)by measuring cross-correlated relaxation rates between the 13C chemical shift tensor and the 1H-13C dipole-dipole interaction of protonated base carbons. The results indicate that the type of the counter-ion strongly influences the magnitude as well as the orientation of the chemical shielding tensors in nucleic acid bases. A proper and physically meaningful interpretation of NMR observables reflecting chemical shielding anisotropy and/or chemical shielding tensor orientation should therefore account for the composition of the NMR buffer.
In Czech
Studium struktury a dynamiky biomolekul založené na NMR relaxačních rychlostech a indukovaných chemických posunech všeobecně předpokládá, že tenzory chemického stínění jsou pro daný typ atomu konstantní a nezávislé na experimentálních podmínkách. Ověřovali jsme platnost tohoto předpokladu pro různé typy a koncentrace protiiontů u mimořádně stabilní DNA smyčky d(GCGAAGC) pomocí měření kroskorelovaných relaxačních rachlostí mezi CSA C-13 a dipolární interakcí H1-C13 u protonovaných uhlíků v bázích. Výsledky ukazují, že typ protiiontu významně ovlivňuje velikost a orientaci tenzoru chemického stínění C-13 v bázích. Fyzikálně správná interpretace NMR parametrů závisejících na velikosti nebo orientaci tenzoru chemického stínění by proto měla brát v úvahu složení pufru.
Links
| LC06030, research and development project |
| ||
| MSM0021622413, plan (intention) |
|