Detailed Information on Publication Record
2008
cDNA Microarray: Gene Expression Profiling of Small Cell Populations
PETERKOVÁ, Martina, Irena KOUTNÁ, Lenka TESAŘOVÁ, Michaela POTĚŠILOVÁ, Zdeněk RUČKA et. al.Basic information
Original name
cDNA Microarray: Gene Expression Profiling of Small Cell Populations
Name in Czech
cDNA Microarray: Expresní profilování malých buněčných pupulací
Authors
PETERKOVÁ, Martina (203 Czech Republic), Irena KOUTNÁ (203 Czech Republic, guarantor), Lenka TESAŘOVÁ (203 Czech Republic), Michaela POTĚŠILOVÁ (203 Czech Republic), Zdeněk RUČKA (203 Czech Republic), Viera HRABČÁKOVÁ (703 Slovakia) and Martin KLABUSAY (203 Czech Republic)
Edition
2008
Other information
Language
English
Type of outcome
Konferenční abstrakt
Field of Study
Genetics and molecular biology
Country of publisher
Austria
Confidentiality degree
není předmětem státního či obchodního tajemství
RIV identification code
RIV/00216224:14330/08:00027029
Organization unit
Faculty of Informatics
Keywords in English
cDNA microarray; RNA isolation; RNA amplifiacation; CD34+ cells
Tags
International impact
Změněno: 18/12/2008 13:42, Mgr. Martina Peterková
V originále
cDNA microarray technology is widely used in various biological and medical disciplines to determine gene expression profiles. Unfortunately, this technology requires a large quantity of input RNA. Since there is an increasing need to analyze more precisely defined cell sub-populations with low cell counts, working protocols using a minimal number of input cells are needed. Optimal RNA isolation and its accurate amplification are crucial to the success of these protocols. The goal was to find the best method of isolating and amplifying RNA from a small number of cells. We used the HL60 cell line in the search for a suitable protocol that could be applied to clinical samples of CD34+ hematopoietic cells. These cells make up only a very small population in bone marrow (1- 4% of all cells). Our evaluation of various methods and kits available in the market revealed that the combination of RNAqueous Kit (Ambion, USA) for RNA isolation and the SenseAmp Plus Kit (Genisphere, USA) for linear one-round RNA amplification produced the best results. The agreement of the expression ratio for genes detected in unamplified RNA and amplified RNA was 97.6 %. This verified protocol describes a reliable and reproducible method for producing enough input RNA for microarray experiments when the number of cells is limited.
In Czech
Technologie cDNA microarray je hojně využívána v biologických a medicínských oborech pro stanovení genových expresních profilů. Tato technologie vyžaduje velké množství vstupní RNA. Bohužel, pokud pracujeme s malými subpopulacemi buněk, pak je problém se získáním dostatečného množství RNA. Právě proto je potřeba mít k dispozici optimalizovaný protokol pro izolaci a amplifikaci RNA. Cílem bylo najít nejvhodnější metodu izolace a amplifikace RNA z malého množství buněk. Nejprve jsme protokol testovali na buněčné linii HL60 a pak jsme ho aplikovali na hematopoetické buňky CD34+. Po zhodnocení různých metod jsme došli k závěru, že nejlepší kombinace je RNAqueous kit (Ambion, USA) pro izolaci RNA a SenseAmp Plus kit (Genisphere, USA) pro amplifikaci RNA. Při porovnání amplifikovaných a neamplifikovaných vzorků jsme vypočítali shodou 97.6. Tento protokol popisuje spolehlivou metodu pro uskutečnění microarray experimentu z limitovaného množství buněk.
Links
| LC535, research and development project |
| ||
| MSM0021622430, plan (intention) |
| ||
| 2B06052, research and development project |
|