cDNA Microarray: Gene Expression Profiling of Small Cell Populations

PETERKOVÁ, Martina, Irena KOUTNÁ, Lenka TESAŘOVÁ, Michaela POTĚŠILOVÁ, Zdeněk RUČKA, Viera HRABČÁKOVÁ and Martin KLABUSAY. cDNA Microarray: Gene Expression Profiling of Small Cell Populations. 2008.

Basic information

• Original name: cDNA Microarray: Gene Expression Profiling of Small Cell Populations
• Name in Czech: cDNA Microarray: Expresní profilování malých buněčných pupulací
• Authors: PETERKOVÁ, Martina (203 Czech Republic), Irena KOUTNÁ (203 Czech Republic, guarantor), Lenka TESAŘOVÁ (203 Czech Republic), Michaela POTĚŠILOVÁ (203 Czech Republic), Zdeněk RUČKA (203 Czech Republic), Viera HRABČÁKOVÁ (703 Slovakia) and Martin KLABUSAY (203 Czech Republic).
• Edition: 2008.

Other information

• Original language: English
• Type of outcome: Conference abstract
• Field of Study: Genetics and molecular biology
• Country of publisher: Austria
• Confidentiality degree: is not subject to a state or trade secret
• RIV identification code: RIV/00216224:14330/08:00027029
• Organization unit: Faculty of Informatics
• Keywords in English: cDNA microarray; RNA isolation; RNA amplifiacation; CD34+ cells
• Tags: cbia-web, CD34+ cells, cDNA microarray, RNA amplifiacation, RNA isolation
• Tags: International impact

Abstract

cDNA microarray technology is widely used in various biological and medical disciplines to determine gene expression profiles. Unfortunately, this technology requires a large quantity of input RNA. Since there is an increasing need to analyze more precisely defined cell sub-populations with low cell counts, working protocols using a minimal number of input cells are needed. Optimal RNA isolation and its accurate amplification are crucial to the success of these protocols. The goal was to find the best method of isolating and amplifying RNA from a small number of cells. We used the HL60 cell line in the search for a suitable protocol that could be applied to clinical samples of CD34+ hematopoietic cells. These cells make up only a very small population in bone marrow (1- 4% of all cells). Our evaluation of various methods and kits available in the market revealed that the combination of RNAqueous Kit (Ambion, USA) for RNA isolation and the SenseAmp Plus Kit (Genisphere, USA) for linear one-round RNA amplification produced the best results. The agreement of the expression ratio for genes detected in unamplified RNA and amplified RNA was 97.6 %. This verified protocol describes a reliable and reproducible method for producing enough input RNA for microarray experiments when the number of cells is limited.

Abstract (in Czech)

Technologie cDNA microarray je hojně využívána v biologických a medicínských oborech pro stanovení genových expresních profilů. Tato technologie vyžaduje velké množství vstupní RNA. Bohužel, pokud pracujeme s malými subpopulacemi buněk, pak je problém se získáním dostatečného množství RNA. Právě proto je potřeba mít k dispozici optimalizovaný protokol pro izolaci a amplifikaci RNA. Cílem bylo najít nejvhodnější metodu izolace a amplifikace RNA z malého množství buněk. Nejprve jsme protokol testovali na buněčné linii HL60 a pak jsme ho aplikovali na hematopoetické buňky CD34+. Po zhodnocení různých metod jsme došli k závěru, že nejlepší kombinace je RNAqueous kit (Ambion, USA) pro izolaci RNA a SenseAmp Plus kit (Genisphere, USA) pro amplifikaci RNA. Při porovnání amplifikovaných a neamplifikovaných vzorků jsme vypočítali shodou 97.6. Tento protokol popisuje spolehlivou metodu pro uskutečnění microarray experimentu z limitovaného množství buněk.

Links

• LC535, research and development project: Name: Dynamika a organizace chromosomů během buněčného cyklu v normě a patologii

Investor: Ministry of Education, Youth and Sports of the CR, Dynamika a organizace chromosomů během buněčného cyklu v normě a patologii

• MSM0021622430, plan (intention): Name: Funkční a molekulární charakteristiky nádorových a normálních kmenových buněk - identifikace cílů pro nová terapeutika a terapeutické strategie

Investor: Ministry of Education, Youth and Sports of the CR, Functional and molecular characteristics of cancer and normal stem cells - identification of targets for novel therapeutics and therapeutic strategies

• 2B06052, research and development project: Name: Vytipování markerů, screening a časná diagnostika nádorových onemocnění pomocí vysoce automatizovaného zpracování multidimenzionálních biomedicínských obrazů (Acronym: Biomarker)

Investor: Ministry of Education, Youth and Sports of the CR, Determination of markers, screening and early diagnostics of cancer diseases using highly automated processing of multidimensional biomedical images