Detailed Information on Publication Record
2009
Microarray analysis using limited amount of cells
PETERKOVÁ, Martina, Irena KOUTNÁ, Lenka TESAŘOVÁ, Michaela POTĚŠILOVÁ, Michal KOZUBEK et. al.Basic information
Original name
Microarray analysis using limited amount of cells
Name in Czech
Microarray analýza u limitujícího množství buněk
Authors
PETERKOVÁ, Martina (203 Czech Republic), Irena KOUTNÁ (203 Czech Republic, guarantor), Lenka TESAŘOVÁ (203 Czech Republic), Michaela POTĚŠILOVÁ (203 Czech Republic), Michal KOZUBEK (203 Czech Republic), Viera HRABČÁKOVÁ (203 Czech Republic), Martin KLABUSAY (203 Czech Republic), Michael DOUBEK (203 Czech Republic) and Jiří MAYER (203 Czech Republic)
Edition
Folia Biologica (Praha), 2009, 0015-5500
Other information
Language
English
Type of outcome
Článek v odborném periodiku
Field of Study
Genetics and molecular biology
Country of publisher
Czech Republic
Confidentiality degree
není předmětem státního či obchodního tajemství
Impact factor
Impact factor: 0.924
RIV identification code
RIV/00216224:14330/09:00034548
Organization unit
Faculty of Informatics
UT WoS
000265765100004
Keywords in English
cDNA microarray; RNA isolation; RNA amplifiacation; CD34+ cells
Tags
International impact, Reviewed
Změněno: 7/5/2010 08:48, prof. RNDr. Michal Kozubek, Ph.D.
V originále
cDNA microarray technology is widely used in various biological and medical disciplines to determine gene expression profiles. Unfortunately, this technology requires a large quantity of input RNA. Since there is an increasing need to more precisely analyze defined cell sub-populations with low cell counts, working protocols using a minimal number of input cells are needed. Optimal RNA isolation and its accurate amplification are crucial to the success of these protocols. The HL60 cell line was used in the search for a suitable protocol that can be used for clinical samples of CD34+ hematopoietic cells obtained from bone marrow. The goal was to discover the best method of isolating and amplifying RNA from a small number of cells. Our evaluation of various methods and kits available in the market revealed that the combination of RNAqueous Kit (Ambion, USA) for RNA isolation and the SenseAmp Plus Kit (Genisphere, USA) for one-round RNA amplification produced the best results. This article presents a verified protocol describing a reliable and reproducible method for producing enough input RNA for microarray experiments when the number of cells is limited.
In Czech
cDNA microarray technologie je hojně využívaná v různých biologických a medicínských oborech ke stanovování genových expresních profilů. Tato technika bohužel vyžaduje velké množství vstupní RNA. Je stále větší potřeba analyzovat malé buněčné subpopulace. Proto je nutné mít k dispozici podrobný protokol pro zpracování minimálního množství buněk. Optimální izolace RNA a následná přesná amplifikace jsou klíčovými kroky pro vytvoření úspěšného protokolu. Nejprve byla celá metodika testována na buněčné linii HL60 a pak aplikována na klinické vzorky CD34+ buněk z kostní dřeně. Cílem bylo navrhnout nejlepší metodu izolace a amplifikace RNA z malého množství buněk. Po vyhodnocení různých metod a kitů jsmme vybrali RNAqueous Kit (Ambion, USA) pro RNA izolaci a SenseAmp Plus Kit (Genisphere, USA)pro jednokolovou amplifikaci RNA. Tento článek popisuje reproducibilní metodu pro uskutečnění microarray experimentu z limitujícího množství buněk.
Links
| LC535, research and development project |
| ||
| MSM0021622430, plan (intention) |
| ||
| 2B06052, research and development project |
|