Detailed Information on Publication Record
2008
Molecular analysis of repetitive elements in giant genomes of Fritillaria ( liliaceae)
AMBROŽOVÁ, Kateřina, Jiří MACAS, Ilia J. LEITCH and Martin LYSÁKBasic information
Original name
Molecular analysis of repetitive elements in giant genomes of Fritillaria ( liliaceae)
Name in Czech
Molekulární analýza repetitivních elementů u obřích genomů rodu Fritillaria L. (Liliaceae)
Authors
AMBROŽOVÁ, Kateřina (203 Czech Republic, belonging to the institution), Jiří MACAS (203 Czech Republic), Ilia J. LEITCH (826 United Kingdom of Great Britain and Northern Ireland) and Martin LYSÁK (203 Czech Republic, guarantor, belonging to the institution)
Edition
The Comparative Biology of the Monocotyledons; Systematics and Evolution, 2008
Other information
Language
English
Type of outcome
Konferenční abstrakt
Field of Study
Genetics and molecular biology
Country of publisher
Denmark
Confidentiality degree
není předmětem státního či obchodního tajemství
RIV identification code
RIV/00216224:14310/08:00025178
Organization unit
Faculty of Science
ISBN
978-87-87772-03-7
Keywords in English
Fritillaria; repetitive elements; genomic analysis; genome size
Tags
International impact
Změněno: 28/4/2011 13:43, prof. Mgr. Martin Lysák, Ph.D., DSc.
V originále
The genus Fritillaria L. comprises taxa with the largest genomes so far reported for any plant species, and at the same time, it provides extensive infrageneric genome size variation (30,000-127,000 Mb/C) along with surprising karyotype uniformity. The genus has a bicontinental distribution (Eurasia, North America) and both diverged groups independently show a trend of increasing genome size with divergence. We have constructed fosmid genomic DNA libraries from one species of each group with approximately equal genome sizes (~45,000 Mb/C): Fritillaria imperialis (Eurasia) and F. affinis (North America). Both libraries were screened using total genomic DNA as a probe to identify clones containing highly repetitive elements. Four selected clones were sequenced and about 130 kb of repetitive sequences was characterized for each species. Preliminary data suggest that the percentage of different classes of repetitive elements do not differ significantly between the two species and gypsy-type retrotransposons of various lengths were identified as the dominating component of Fritillaria genomes. Further studies aims to characterize selected repetitive elements in a wide range of Fritillaria species and analyze their contribution to genome size variation across the genus.
In Czech
notace česky: Rod Fritillaria obsahuje druhy s největším doposud známým genomem a zároveň poskytuje obrovskou vnitrodruhovou variabilitu týkající se velikosti genomu (30,000-127,000 Mb/C) spolu s až překvapivou uniformitou karyotypu. Tento rod je znám bikontinentální distribucí (Eurasie, Severní Amerika) a obě větve ukazují nezávislou tendenci zvětšovat velikost genomu. Vytvořili jsme DNA genomické knihovny z každé skupiny od jednoho druhu s přibližně podobnou velikostí genomu (~45,000 Mb/C): Fritillaria imperialis (Eurasie) a F. affinis (Severní Amerika). Pro identifikaci klonů obsahujících repetitivní sekvence byly obě knihovny screenovány pomocí genomických DNA. Takto byly vybrány čtyři klony z každé knihovny pro sekvenaci. Dosud bylo charakterizováno téměř 130 kb repetitivních sekvencí. Předběžná data ukazují, že procentuální podíl různých tříd repetitivních elementů se mezi danými modelovými druhy významně neliší a zároveň byly jako dominantní elementy genomů modeových druhů rodu Fritillaria identifikovány retrotranspozony typu Ty3/gypsy. Další studie se budou zabývat charakterizací vybraných repetitivních elementů ve více druzích rodu Fritillaria a analýzou jejich vlivu na variabilitu velikosti genomu v rámci druhu.
Links
| GA521/07/0284, research and development project |
| ||
| MSM0021622415, plan (intention) |
|