Detailed Information on Publication Record
2008
C-13 Relaxation Study of RNA Dynamics: Application to UUCG Hairpin Loop
KADEŘÁVEK, Pavel and Radovan FIALABasic information
Original name
C-13 Relaxation Study of RNA Dynamics: Application to UUCG Hairpin Loop
Name in Czech
Studium dynamiky RNA pomocí relaxace C-13: Aplikace na smyčku UUCG
Authors
Edition
1. vyd. Brno, 23rd NMR Valtice, p. 31-31, 1 pp. 2008
Publisher
Masarykova Univerzita
Other information
Language
English
Type of outcome
Stať ve sborníku
Field of Study
10600 1.6 Biological sciences
Country of publisher
Czech Republic
Confidentiality degree
není předmětem státního či obchodního tajemství
Organization unit
Faculty of Science
ISBN
978-80-86441-39-9
Keywords in English
dynamics; NMR spectroscopy; nucleic acid; relaxation; chemical shift anisotropy
Tags
International impact
Změněno: 21/1/2009 10:50, doc. RNDr. Radovan Fiala, CSc.
V originále
The Model-free procedure to analyze NMR relaxation rates in terms of intramolecular motions was modified to explicitly take into account asymmetric character of the carbon chemical shielding tensors. The effect of using the improved procedure was studied on a 14-nt RNA hairpin including UUCG tetraloop. Spin-spin and spin-lattice relaxation rates were measured for all protonated base and C1’ carbons at 600 MHz and 500 MHz and the values of carbon-hydrogen heteronuclear NOE were obtained for purine C8 and adenine C2 carbons. The results of the Model free analysis using the extended version of the Relax program was compared to the result produced by the standard version of the program as well as to the published data.
In Czech
Metoda model-free, která se používá ke studiu dynamiky molekul na základě NMR relaxace byla rozšířena o explicitní zahrnutí vlivu asymetrického charakteru tenzoru chemického stínění uhlíku C-13. Výsledky poskytované vylepšenou metodou byly studovány na tetradekameru RNA obsahující smyčku UUCG. Relaxační parametry byly měřeny pro všechny protonované atomy uhlíku v bázích a uhlíku C1’ při 600 MHz a 500 MHz. Výsledky dosažené s pomocí rozšířené metody model-free jsou porovnávány s výsledky získanými standardním postupem a rovněž s publikovanými daty.
Links
| LC06030, research and development project |
| ||
| MSM0021622413, plan (intention) |
|