Acquiarium version 1.6

MATULA, Pavel, Ondřej DANĚK, Martin MAŠKA and Marek VINKLER. Acquiarium version 1.6. 2008.

Basic information

Original name

Acquiarium version 1.6

Name in Czech

Acquiarium verze 1.6

Authors

MATULA, Pavel (203 Czech Republic, guarantor, belonging to the institution), Ondřej DANĚK (203 Czech Republic, belonging to the institution), Martin MAŠKA (203 Czech Republic, belonging to the institution) and Marek VINKLER (203 Czech Republic, belonging to the institution)

Edition

2008

---

Other information

Language

English

Type of outcome

Software

Field of Study

20200 2.2 Electrical engineering, Electronic engineering, Information engineering

Country of publisher

Czech Republic

Confidentiality degree

není předmětem státního či obchodního tajemství

References:

URL

RIV identification code

RIV/00216224:14330/08:00027695

Organization unit

Faculty of Informatics

Keywords in English

image acquisition; image correction; automated image analysis; fluorescence microscopy

Technical parameters

free software distributed as binaries; written in C++ language, version 1.6

Tags

automated image analysis, fluorescence microscopy, image acquisition, image correction

Tags

International impact

---

Abstract

V originále

Acquiarium 1.6 is free software for solving the common pipeline of many spatial cell studies using fluorescence microscopy. It addresses image capture, raw image correction, image segmentation, quantification of segmented objects and their spatial arrangement, volume rendering, and statistical evaluation. The software is designed for processing of a collection of many 3D images. It can be used for analysis of a collection of 2D images or time lapse series of 2D or 3D images as well. It has a modular design and is extensible via plug-ins.

In Czech

Acquiarium 1.6 je volně šiřitelný software pro provádění prostorových studií na buňkách pomocí fluorescenční mikroskopie. Software řeší snímání obrazu, korekce nasnímaných dat, segmentaci obrazu, kvantifikaci segmentovaných objektů a jejich prostorového rozložení, objemové vizualizace a statistické vyhodnocení. Software je navržen pro zpracování kolekce mnoha 3D obrazů. Může však být použit i pro analýzu kolekce 2D obrazů, nebo časových sérií 2D nebo 3D obrazů. Software je modulární a rozšiřitelný pomocí zásuvných modulů.

---

Links

2B06052, research and development project

Name: Vytipování markerů, screening a časná diagnostika nádorových onemocnění pomocí vysoce automatizovaného zpracování multidimenzionálních biomedicínských obrazů (Acronym: Biomarker) Investor: Ministry of Education, Youth and Sports of the CR, Determination of markers, screening and early diagnostics of cancer diseases using highly automated processing of multidimensional biomedical images