Biomarker discovery - Detection of minor protein concentration changes using ICPL protein labeling and 2D GE

POTĚŠIL, David, Ludmila ROČŇOVÁ, Soňa ČEJKOVÁ, Martin TRBUŠEK, Zbyněk ZDRÁHAL and Jan HAVLIŠ. Biomarker discovery - Detection of minor protein concentration changes using ICPL protein labeling and 2D GE. 2009.

Basic information

• Original name: Biomarker discovery - Detection of minor protein concentration changes using ICPL protein labeling and 2D GE
• Name in Czech: Objev biomarkeru - Detekce minimálních změn v proteinových koncentracích s využitím ICPL proteinového značení a 2D GE
• Authors: POTĚŠIL, David (203 Czech Republic, guarantor), Ludmila ROČŇOVÁ (203 Czech Republic), Soňa ČEJKOVÁ (203 Czech Republic), Martin TRBUŠEK (203 Czech Republic), Zbyněk ZDRÁHAL (203 Czech Republic) and Jan HAVLIŠ (203 Czech Republic).
• Edition: 2009.

Other information

• Original language: English
• Type of outcome: Audiovisual works
• Field of Study: Genetics and molecular biology
• Country of publisher: Austria
• Confidentiality degree: is not subject to a state or trade secret
• WWW: URL
• RIV identification code: RIV/00216224:14310/09:00035066
• Organization unit: Faculty of Science
• Keywords in English: Biomarkers;MS/MS;Liquid Chromatography;Two Dimensional Gel Electrophoresis;Proteomics;Quantitative Analysis;ICPL labeling
• Tags: biomarkers, ICPL labeling, liquid chromatography, MS/MS, proteomics, Quantitative Analysis, Two Dimensional Gel Electrophoresis
• Tags: International impact

Abstract

Determination of low quantitative changes in protein expression is still a challenging task due to variability in both, biological sample preparation and analytical procedure. At first we did 2D GE experiments were we tested variability in protein spots introduced during the cell lysis. The percentage of qualitatively and quantitatively different spots was about 0.5 % and 2.5 %, respectively. To determine the protein concentration differences bewteen two samples we utilized protein labeling by ICPL. It was found to be precise (RSD approx. 5 %). Moreover the results obtained by different approaches are comparable.

Abstract (in Czech)

Stanovení nízkých kvantitativních změn v proteinové expresy je stále nesnadný úkol. Důvodem je mimo jiné variabilita vnesená při přípravě vzorku. Byly provedeny 2D GE experimenty, kde byla testována variabilita v proteinových spotech vnesená v průběhu buněčné lyze. Procenta kvalitativně a kvantitativně rozdílných spotů byla okolo 0,5 % a 2,5 %. Ke stanovení poměru koncentrací proteinů ve dvou vzorcích bylo použito ICPL značení. Bylo zjištěno, že jde o přesnou metodu (RSD přibližně 5 %) a výsledky získané po různém zpracováním vzorku jsou porovnatelné.

Links

• MSM0021622413, plan (intention): Name: Proteiny v metabolismu a při interakci organismů s prostředím

Investor: Ministry of Education, Youth and Sports of the CR, Proteins in metabolism and interaction of organisms with the environment

• MSM0021622415, plan (intention): Name: Molekulární podstata buněčných a tkáňových regulací

Investor: Ministry of Education, Youth and Sports of the CR, Molecular basis of cell and tissue regulations

• NR9301, research and development project: Name: Senzitivizace B-CLL buněk na cytostatika prostřednictvím monoklonální protilátky rituximab - identifikace zodpovědných proteinů

Investor: Ministry of Health of the CR