A 2009

Biomarker discovery - Detection of minor protein concentration changes using ICPL protein labeling and 2D GE

POTĚŠIL, David, Ludmila ROČŇOVÁ, Soňa ČEJKOVÁ, Martin TRBUŠEK, Zbyněk ZDRÁHAL et. al.

Basic information

Original name

Biomarker discovery - Detection of minor protein concentration changes using ICPL protein labeling and 2D GE

Name in Czech

Objev biomarkeru - Detekce minimálních změn v proteinových koncentracích s využitím ICPL proteinového značení a 2D GE

Authors

POTĚŠIL, David (203 Czech Republic, guarantor), Ludmila ROČŇOVÁ (203 Czech Republic), Soňa ČEJKOVÁ (203 Czech Republic), Martin TRBUŠEK (203 Czech Republic), Zbyněk ZDRÁHAL (203 Czech Republic) and Jan HAVLIŠ (203 Czech Republic)

Edition

2009

Other information

Language

English

Type of outcome

Audiovizuální tvorba

Field of Study

Genetics and molecular biology

Country of publisher

Austria

Confidentiality degree

není předmětem státního či obchodního tajemství

References:

RIV identification code

RIV/00216224:14310/09:00035066

Organization unit

Faculty of Science

Keywords in English

Biomarkers;MS/MS;Liquid Chromatography;Two Dimensional Gel Electrophoresis;Proteomics;Quantitative Analysis;ICPL labeling

Tags

Tags

International impact
Změněno: 18/2/2009 15:51, Mgr. David Potěšil, Ph.D.

Abstract

ORIG CZ

V originále

Determination of low quantitative changes in protein expression is still a challenging task due to variability in both, biological sample preparation and analytical procedure. At first we did 2D GE experiments were we tested variability in protein spots introduced during the cell lysis. The percentage of qualitatively and quantitatively different spots was about 0.5 % and 2.5 %, respectively. To determine the protein concentration differences bewteen two samples we utilized protein labeling by ICPL. It was found to be precise (RSD approx. 5 %). Moreover the results obtained by different approaches are comparable.

In Czech

Stanovení nízkých kvantitativních změn v proteinové expresy je stále nesnadný úkol. Důvodem je mimo jiné variabilita vnesená při přípravě vzorku. Byly provedeny 2D GE experimenty, kde byla testována variabilita v proteinových spotech vnesená v průběhu buněčné lyze. Procenta kvalitativně a kvantitativně rozdílných spotů byla okolo 0,5 % a 2,5 %. Ke stanovení poměru koncentrací proteinů ve dvou vzorcích bylo použito ICPL značení. Bylo zjištěno, že jde o přesnou metodu (RSD přibližně 5 %) a výsledky získané po různém zpracováním vzorku jsou porovnatelné.

Links

MSM0021622413, plan (intention)
Name: Proteiny v metabolismu a při interakci organismů s prostředím
Investor: Ministry of Education, Youth and Sports of the CR, Proteins in metabolism and interaction of organisms with the environment
MSM0021622415, plan (intention)
Name: Molekulární podstata buněčných a tkáňových regulací
Investor: Ministry of Education, Youth and Sports of the CR, Molecular basis of cell and tissue regulations
NR9301, research and development project
Name: Senzitivizace B-CLL buněk na cytostatika prostřednictvím monoklonální protilátky rituximab - identifikace zodpovědných proteinů
Investor: Ministry of Health of the CR