Detailed Information on Publication Record
2009
On Algorithmic Analysis of Transcriptional Regulation by LTL Model Checking
BARNAT, Jiří, Luboš BRIM, Ivana ČERNÁ, Sven DRAŽAN, Jana FABRIKOVÁ et. al.Basic information
Original name
On Algorithmic Analysis of Transcriptional Regulation by LTL Model Checking
Name in Czech
Algoritmická analýza transkripční regulace s využitím metody ověřování modelů
Authors
BARNAT, Jiří (203 Czech Republic, belonging to the institution), Luboš BRIM (203 Czech Republic, belonging to the institution), Ivana ČERNÁ (203 Czech Republic, belonging to the institution), Sven DRAŽAN (203 Czech Republic, belonging to the institution), Jana FABRIKOVÁ (203 Czech Republic, belonging to the institution) and David ŠAFRÁNEK (203 Czech Republic, guarantor, belonging to the institution)
Edition
Theoretical Computer Science, 2009, 0304-3975
Other information
Language
English
Type of outcome
Článek v odborném periodiku
Field of Study
10201 Computer sciences, information science, bioinformatics
Country of publisher
Czech Republic
Confidentiality degree
není předmětem státního či obchodního tajemství
References:
Impact factor
Impact factor: 0.943
RIV identification code
RIV/00216224:14330/09:00029225
Organization unit
Faculty of Informatics
UT WoS
000268921500007
Keywords in English
Genetic regulatory network; Piecewise-linear approximation; Model checking
Tags
International impact, Reviewed
Změněno: 2/2/2011 09:33, prof. RNDr. Luboš Brim, CSc.
V originále
This paper is focused on the model checking approach for analysis of piecewise-linear deterministic models of genetic regulatory networks. Firstly, the qualitative simulation algorithm of de Jong et.al. that builds the heart of Genetic Network Analyzer (GNA) is revisited and its time complexity is studied in detail. Secondly, a novel algorithm that reduces the state space generation time is introduced. The new algorithm is developed as an abstraction of the original GNA algorithm. Finally, a fragment of linear time temporal logic for which the provided abstraction is conservative is identified. Efficiency of the new algorithm when implemented in the parallel model checking environment is demonstrated on a set of experiments performed on randomly modified biological models. In general, the achieved results bring a new insight into the field of qualitative simulation emerging in the context of systems biology.
In Czech
Článek přináší výsledek v oblasti algoritmické analýzy modelů dynamiky genetických regulačních sítí. Z teoretického hlediska je analyzována (exponenciální) složitost výpočtu de Jongova algoritmu pro kvalitativní analýzu genetických regulačních sítí prostřednictvím metody ověřování modelů. Na základě této analýzy je navržena abstrakce snižující třídu exponenciality časové složitosti výpočtu. V článku je rovněž identifikován fragment lineární temporální logiky, pro nějž je navrhovaná abstrakce systému konzervativní. V praktické části článku jsou prezentovány experimenty na nichž je porovnána původní verze algoritmu s verzí abstrahovanou.
Links
| GA201/09/1389, research and development project |
| ||
| MSM0021622419, plan (intention) |
|