ŠMAJS, David, Petra MATĚJKOVÁ, Michal STROUHAL, Vladana WOZNICOVÁ a George M. WEINSTOCK. Sequencing and molecular typing of hypervariable loci in the Treponema pallidum genomes: characterizations of type strains and clinical isolates. In Clinical Microbiology and Infection, Volume 14, Issue s7, Abstracts of the 18th ECCMID, P1704. Neuveden: European Society of Clinical Microbiology and Infectious Diseases, 2008. s. 495. ISSN 1198-743X.
Další formáty:   BibTeX LaTeX RIS
Základní údaje
Originální název Sequencing and molecular typing of hypervariable loci in the Treponema pallidum genomes: characterizations of type strains and clinical isolates.
Název česky Sekvenace a molekulární typizace hypervariabilních lokusů v genomech Treponema pallidum:charakterizace kmenů a klinických izolátů.
Autoři ŠMAJS, David, Petra MATĚJKOVÁ, Michal STROUHAL, Vladana WOZNICOVÁ a George M. WEINSTOCK.
Vydání Neuveden, Clinical Microbiology and Infection, Volume 14, Issue s7, Abstracts of the 18th ECCMID, P1704, s. 495-495, 2008.
Nakladatel European Society of Clinical Microbiology and Infectious Diseases
Další údaje
Originální jazyk angličtina
Typ výsledku Stať ve sborníku
Obor Genetika a molekulární biologie
Stát vydavatele Španělsko
Utajení není předmětem státního či obchodního tajemství
Impakt faktor Impact factor: 3.554
Organizační jednotka Lékařská fakulta
ISSN 1198-743X
Klíčová slova česky Treponema pallidum; molekulární typizace
Klíčová slova anglicky Treponema pallidum; molecular typing
Štítky molecular typing, Treponema pallidum
Změnil Změnil: prof. MUDr. David Šmajs, Ph.D., učo 1116. Změněno: 8. 4. 2010 14:22.
Anotace
Using Comparative Genomic Sequencing (CGS) approach, hypervariable regions in Treponema pallidum genome were identified. These regions comprised hypothetical genes TP0136 and TP0548. Nucleotide sequences of these genes were determined and compared in 4 groups of T. pallidum strains: in ssp. pallidum (6 strains causing syphilis), in ssp. pertenue (6 strains causing yaws), in ssp. endemicum (2 strains causing endemic syphilis) and in 1 strain of unclassified simian isolate. In addition, 9 PCR positive clinical samples were analyzed.The TP0136 and TP0548 analyzed loci showed discrete clusters in 4 groups of type strains. Analysis of strains belonging to ssp. pallidum revealed two discrete subclusters containing Nichols-like and SS14-like sequences, respectively. All clinical isolates clustered with the SS14-like subgroup.Our results showed that TP0136 and TP0548 loci represent promising targets for molecular typing of pathogenic treponemes including clinical samples.
Anotace česky
S použitím techniky CGS byly sekvencovány úseky chromosomu Treponema pallidum odpovídající genům TP0136 a TP0548. Analýza sekvence ukázala diskrétní clustery odpovídající vyšetřeným poddruhům.
Návaznosti
GA310/07/0321, projekt VaVNázev: Komparativní genomové sekvencování patogenních treponem a transkriptomová analýza T. pallidum ssp. pallidum
Investor: Grantová agentura ČR, Standardní projekty
MSM0021622415, záměrNázev: Molekulární podstata buněčných a tkáňových regulací
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Výzkumné záměry
NR8967, projekt VaVNázev: Molekulární typizace kmenů a izolátů Treponema pallidum subsp. pallidum: základ pro epidemiologickou a klinickou identifikaci jednotlivých kmenů
Investor: Ministerstvo zdravotnictví ČR, Resortní program výzkumu a vývoje - MZ
VytisknoutZobrazeno: 26. 5. 2020 09:16