2008
Sequencing and molecular typing of hypervariable loci in the Treponema pallidum genomes: characterizations of type strains and clinical isolates.
ŠMAJS, David; Petra MATĚJKOVÁ; Michal STROUHAL; Vladana WOZNICOVÁ; George M. WEINSTOCK et. al.Základní údaje
Originální název
Sequencing and molecular typing of hypervariable loci in the Treponema pallidum genomes: characterizations of type strains and clinical isolates.
Název česky
Sekvenace a molekulární typizace hypervariabilních lokusů v genomech Treponema pallidum:charakterizace kmenů a klinických izolátů.
Autoři
Vydání
Neuveden, Clinical Microbiology and Infection, Volume 14, Issue s7, Abstracts of the 18th ECCMID, P1704, s. 495-495, 2008
Nakladatel
European Society of Clinical Microbiology and Infectious Diseases
Další údaje
Jazyk
angličtina
Typ výsledku
Stať ve sborníku
Obor
Genetika a molekulární biologie
Stát vydavatele
Španělsko
Utajení
není předmětem státního či obchodního tajemství
Impakt faktor
Impact factor: 3.554
Organizační jednotka
Lékařská fakulta
ISSN
Klíčová slova česky
Treponema pallidum; molekulární typizace
Klíčová slova anglicky
Treponema pallidum; molecular typing
Štítky
Změněno: 8. 4. 2010 14:22, prof. MUDr. David Šmajs, Ph.D.
V originále
Using Comparative Genomic Sequencing (CGS) approach, hypervariable regions in Treponema pallidum genome were identified. These regions comprised hypothetical genes TP0136 and TP0548. Nucleotide sequences of these genes were determined and compared in 4 groups of T. pallidum strains: in ssp. pallidum (6 strains causing syphilis), in ssp. pertenue (6 strains causing yaws), in ssp. endemicum (2 strains causing endemic syphilis) and in 1 strain of unclassified simian isolate. In addition, 9 PCR positive clinical samples were analyzed.The TP0136 and TP0548 analyzed loci showed discrete clusters in 4 groups of type strains. Analysis of strains belonging to ssp. pallidum revealed two discrete subclusters containing Nichols-like and SS14-like sequences, respectively. All clinical isolates clustered with the SS14-like subgroup.Our results showed that TP0136 and TP0548 loci represent promising targets for molecular typing of pathogenic treponemes including clinical samples.
Česky
S použitím techniky CGS byly sekvencovány úseky chromosomu Treponema pallidum odpovídající genům TP0136 a TP0548. Analýza sekvence ukázala diskrétní clustery odpovídající vyšetřeným poddruhům.
Návaznosti
| GA310/07/0321, projekt VaV |
| ||
| MSM0021622415, záměr |
| ||
| NR8967, projekt VaV |
|