MATULA, Pavel, Martin MAŠKA, Ondřej DANĚK, Petr MATULA and Michal KOZUBEK. Acquiarium: Free Software for the Acquisition and Analysis of 3D Images of Cells in Fluorescence Microscopy. Online. In IEEE International Symposium on Biomedical Imaging. Boston: IEEE, 2009, p. 1138-1141. ISBN 978-1-4244-3932-4.
Other formats:   BibTeX LaTeX RIS
Basic information
Original name Acquiarium: Free Software for the Acquisition and Analysis of 3D Images of Cells in Fluorescence Microscopy
Name in Czech Acquiarium: Volný software na snímání a analýzy 3D obrazů buněk ve fluorescenční mikroskopii
Authors MATULA, Pavel (203 Czech Republic, guarantor, belonging to the institution), Martin MAŠKA (203 Czech Republic, belonging to the institution), Ondřej DANĚK (203 Czech Republic, belonging to the institution), Petr MATULA (203 Czech Republic, belonging to the institution) and Michal KOZUBEK (203 Czech Republic, belonging to the institution).
Edition Boston, IEEE International Symposium on Biomedical Imaging, p. 1138-1141, 4 pp. 2009.
Publisher IEEE
Other information
Original language English
Type of outcome Proceedings paper
Field of Study 20206 Computer hardware and architecture
Country of publisher United States of America
Confidentiality degree is not subject to a state or trade secret
Publication form electronic version available online
WWW URL
RIV identification code RIV/00216224:14330/09:00035583
Organization unit Faculty of Informatics
ISBN 978-1-4244-3932-4
ISSN 1945-7936
UT WoS 000270678400290
Keywords (in Czech) volný software; fluorescenční mikroskopie; pořizování obrazu; 3D obrazová analýza; obrazová cytometrie
Keywords in English free software; fluorescence microscopy; image acqusition; 3D image analysis; image cytometry
Tags cbia-web
Tags International impact, Reviewed
Changed by Changed by: doc. RNDr. Martin Maška, Ph.D., učo 60734. Changed: 13/12/2015 02:07.
Abstract
This paper describes free software (called Acquiarium, http://cbia.fi.muni.cz/acquiarium.html) for carrying out the common pipeline of many spatial cell studies using fluorescence microscopy. It addresses image capture, raw image correction, image segmentation, the quantification and spatial arrangement of segmented objects, volume rendering, and statistical evaluation. The software is designed for the easy processing of a collection of many 3D images. It can be used for the analysis of a collection of 2D images or time lapse series of 2D or 3D images as well. It has a modular design and is extensible via plug-ins. The paper gives an overview of the software and its key design ideas.
Abstract (in Czech)
Článek popisuje volný software (nazývaný Acquiarium, http://cbia.fi.muni.cz/acquiarium.html) k provádění sledu kroků, který se objevuje v mnoha studiích buněk pomocí fluorescenční mikroskopie. Software pojímá zachycení obrazu, korekci surových dat, segmentaci obrazu, kvantifikaci a prostorová měření segmentovaných objektů, objemové vizualizace, a statistické vyhodnocení. Software je navržen pro snadné zpracování kolekce mnoha 3D obrazů. Může však být použitý i pro analýzu kolekce 2D obrazu nebo časové série 2D nebo 3D obrazů. Má modulární návrh a je rozšiřitelný pomocí zásuvných modulů. Článek podává základní přehled o softwarů a jeho klíčových myšlenkách.
Links
2B06052, research and development projectName: Vytipování markerů, screening a časná diagnostika nádorových onemocnění pomocí vysoce automatizovaného zpracování multidimenzionálních biomedicínských obrazů (Acronym: Biomarker)
Investor: Ministry of Education, Youth and Sports of the CR, Determination of markers, screening and early diagnostics of cancer diseases using highly automated processing of multidimensional biomedical images
PrintDisplayed: 28/4/2024 13:54