Mutation analysis of candidate genes SCN1B, KCND3 and ANK2 in patients with clinical diagnosis of Long QT syndrome.

RAUDENSKÁ, Martina, Alexandra BITTNEROVÁ, Tomáš NOVOTNÝ, Alena FLORIÁNOVÁ, Karel CHROUST, Renata GAILLYOVÁ, Bořivoj SEMRÁD, Jitka KADLECOVÁ, Martina ŠIŠÁKOVÁ, Ondřej TOMAN and Jindřich ŠPINAR. Mutation analysis of candidate genes SCN1B, KCND3 and ANK2 in patients with clinical diagnosis of Long QT syndrome. Physiological Research. Praha: Akademie věd České republiky, 2008, 57/2008, No 6, p. 857-862. ISSN 1802-9973.

Basic information

• Original name: Mutation analysis of candidate genes SCN1B, KCND3 and ANK2 in patients with clinical diagnosis of Long QT syndrome.
• Name in Czech: Mutační analýza kandidátních genů SCN1B, KCND3 a ANK2 u pacientů s klinickou diagnózou syndromu prodlouženého QT intervalu
• Authors: RAUDENSKÁ, Martina, Alexandra BITTNEROVÁ, Tomáš NOVOTNÝ, Alena FLORIÁNOVÁ, Karel CHROUST, Renata GAILLYOVÁ, Bořivoj SEMRÁD, Jitka KADLECOVÁ, Martina ŠIŠÁKOVÁ, Ondřej TOMAN and Jindřich ŠPINAR.
• Edition: Physiological Research, Praha, Akademie věd České republiky, 2008, 1802-9973.

Other information

• Original language: English
• Type of outcome: Article in a journal
• Field of Study: Genetics and molecular biology
• Country of publisher: Czech Republic
• Confidentiality degree: is not subject to a state or trade secret
• Impact factor: Impact factor: 1.653
• Organization unit: Faculty of Medicine
• Keywords (in Czech): SCN1B; KCND3; ANK2; syndrom prodlouženého QT intervalu;mutační screening
• Keywords in English: SCN1B; KCND3; ANK2; Long QT Syndrome; Mutational Screening
• Tags: ANK2, KCND3, long QT syndrome, Mutational Screening, SCN1B

Abstract

In general, mutations in cardiac ion channel genes (KCNQ1, KCNH2, SCN5A, KCNE1, KCNE2) have been identified as a cause for LQTS. About 50-60% of LQTS patients have an identifiable LQTS causing mutation in one of mentioned genes. In a group of 12 LQTS patients with no identified mutations in these genes we have tested a hypothesis that other candidate genes could be involved in LQTS pathophysiology. SCN1B and KCND3 genes encode ion channel proteins, ANK2 gene encodes cytoskeletal protein interacting with ion channels. Five polymorphisms were found in screened candidate genes, 2 polymorphisms in KCND3 and 3 in SCN1B. None of found polymorphisms has coding effect nor is located close to splice sites or has any similarity to known splicing enhancer motifs. Polymorphism G246T in SCN1B is a novel one. No mutation directly causing LQTS was found. Molecular mechanism of LQTS genesis in these patients remains unclear.

Abstract (in Czech)

Jako příčina LQTS jsou uváděny genetické změny srdečních iontových kanálů (KCNQ1, KCNH2, SCN5A, KCNE1, KCNE2). Asi 50-60% LQTS pacientů má mutaci v jednom ze zmiňovaných genů. Na skupině 12 LQTS pacientů, kteří neměli identifikovanou mutaci v těchto genech jsme testovali hypotézu spoluúčasti dalších kandidátních genů při patogenezi LQTS. Námi zvolené kandidátní geny SCN1B a KCND3 kódují též iontové kanály, ANK2 kóduje protein cytoskeletu, který s iontovými kanály interaguje. Nalezli jsme 5 polymorfních míst. 2 v KCND3 a 3 v SCN1B. Žádný z těchto polymorfismů neměnil aminokyselinu ve výsledném proteinu, nevyskytoval se v blízkosti sestřihových míst a nevykazoval podobnost se známými motivy sestřihových enhancerů. Polymorfismus G246T v genu SCN1B byl v naší práci nově popsán. Nenalezli jsme žádnou mutaci, která by přímo souvisela s LQTS. Molekulární mechanismus vzniku LQTS u této skupiny pacientů zůstává nejasný.

Links

• NR9340, research and development project: Name: Výskyt polymorfizmů genů pro iontové kanály myokardu ve vztahu k náhlé srdeční smrti u pacientů se strukturálním onemocněním srdce

Investor: Ministry of Health of the CR