J 2009

HotSpot Wizard: a Web Server for Identification of Hot Spots in Protein Engineering.

PAVELKA, Antonín; Eva CHOVANCOVÁ a Jiří DAMBORSKÝ

Základní údaje

Originální název

HotSpot Wizard: a Web Server for Identification of Hot Spots in Protein Engineering.

Název česky

HotSpot Wizard: Webový server pro identifikaci "horkých bodů" v proteinovém inženýrství.

Autoři

PAVELKA, Antonín; Eva CHOVANCOVÁ a Jiří DAMBORSKÝ

Vydání

NUCLEIC ACIDS RESEARCH, 2009, 0305-1048

Další údaje

Jazyk

angličtina

Typ výsledku

Článek v odborném periodiku

Obor

10201 Computer sciences, information science, bioinformatics

Stát vydavatele

Spojené státy

Utajení

není předmětem státního či obchodního tajemství

Odkazy

Impakt faktor

Impact factor: 7.479

Kód RIV

RIV/00216224:14310/09:00028562

Organizační jednotka

Přírodovědecká fakulta

UT WoS

000267889100066

Klíčová slova anglicky

HotSpot Wizard; hot spots; engineering of substrate specificity; activity or enantioselectivity of enzymes

Příznaky

Mezinárodní význam, Recenzováno
Změněno: 11. 8. 2009 11:02, prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr.

Anotace

ORIG CZ

V originále

HotSpot Wizard is a web server for automatic identification of "hot spots" for engineering of substrate specificity, activity or enantioselectivity of enzymes and for annotation of protein structures. The web server implements the protein engineering protocol, which targets evolutionarily variable amino acid positions located in the active site or lining the access tunnels. The "hot spots" for mutagenesis are selected through the integration of structural, functional and evolutionary information obtained from: (i) the databases RCSB PDB, UniProt, PDBSWS, Catalytic Site Atlas and nr NCBI and (ii) the tools CASTp, CAVER, BLAST, CD-HIT, MUSCLE and Rate4Site. The protein structure and e-mail address are the only obligatory inputs for the calculation. In the output, HotSpot Wizard lists annotated residues ordered by estimated mutability. The results of the analysis are mapped on the enzyme structure and visualized in the web browser using Jmol. The HotSpot Wizard server should be useful for protein engineers interested in exploring the structure of their favourite protein and for the design of mutations in site-directed mutagenesis and focused directed evolution experiments. HotSpot Wizard is available at http://loschmidt.chemi.muni.cz/hotspotwizard/.

Česky

......

Návaznosti

GA201/07/0927, projekt VaV
Název: Vizualizace proteinových struktur
Investor: Grantová agentura ČR, Vizualice proteinových struktur
IAA401630901, projekt VaV
Název: Evoluce substrátové specifity u enzymů aktivních s xenobiotickými látkami
Investor: Akademie věd ČR, Evoluce substrátové specifity u enzymů aktivních s xenobiotickými látkami
LC06010, projekt VaV
Název: Centrum biokatalýzy a biotransformací
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Centrum biokatalýzy a biotransformací
MSM0021622412, záměr
Název: Interakce mezi chemickými látkami, prostředím a biologickými systémy a jejich důsledky na globální, regionální a lokální úrovni (INCHEMBIOL) (Akronym: INCHEMBIOL)
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Interakce mezi chemickými látkami, prostředím a biologickými systémy a jejich důsledky na globální , regionální a lokální úrovni