J 2009

Spectroscopic study of protonation of oligonucleotides containing adenine and cytosine

VOJTYLOVÁ, Terézia, Dana DOSPIVOVÁ, Olga TŘÍSKOVÁ, Iveta PILAŘOVÁ, Přemysl LUBAL et. al.

Základní údaje

Originální název

Spectroscopic study of protonation of oligonucleotides containing adenine and cytosine

Název česky

Spectroskopické studium protonace oligonukleotidů obsahujících adenin a cytosin

Autoři

VOJTYLOVÁ, Terézia (703 Slovensko), Dana DOSPIVOVÁ (203 Česká republika), Olga TŘÍSKOVÁ (203 Česká republika), Iveta PILAŘOVÁ (203 Česká republika), Přemysl LUBAL (203 Česká republika, garant), Marta FARKOVÁ (203 Česká republika), Libuše TRNKOVÁ (203 Česká republika) a Petr TÁBORSKÝ (203 Česká republika)

Vydání

Chem. Papers, 2009, 0366-6352

Další údaje

Jazyk

angličtina

Typ výsledku

Článek v odborném periodiku

Obor

10406 Analytical chemistry

Stát vydavatele

Slovensko

Utajení

není předmětem státního či obchodního tajemství

Odkazy

URL

Impakt faktor

Impact factor: 0.791

Kód RIV

RIV/00216224:14310/09:00037430

Organizační jednotka

Přírodovědecká fakulta

UT WoS

000270647700016

Klíčová slova česky

oligonukleotidy; adenin; cytosin; protonace; termodynamika; chemometrie

Klíčová slova anglicky

oligonucleotides; adenine; cytosine; protonation; thermodynamics; chemometrics

Příznaky

Mezinárodní význam, Recenzováno
Změněno: 8. 4. 2010 18:51, prof. RNDr. Přemysl Lubal, Ph.D.

Anotace

ORIG CZ

V originále

Acidobasic properties of purine and pyrimidine bases (adenine, cytosine) and relevant nucleosides (adenosine, cytidine) were studied by means of glass-electrode potentiometry and the respective dissociation constants were determined under given experimental conditions (I = 0.1 M (NaCl), t = (25.0 +/- 0.1) degrees of Celsius): adenine (pK_HL = 9.65 +/- 0.04, pK_H2L = 4.18 +/- 0.04), adenosine (pK_H2L = 3.59 +/- 0.05), cytosine (pK_H2L = 4.56 +/- 0.01), cytidine (pK_H2L = 4.16 +/- 0.02). In addition, thermodynamic parameters for bases were calculated. Acidobasic behavior of oligonucleotides ((CAC)3, A3C6, C3A3C3) was studied under the same experimental conditions by molecular absorption spectroscopy. pH-dependent spectral datasets were analyzed by means of advanced chemometric techniques (EFA, MCR-ALS) and the presence of hemiprotonated species concerning (C-C+) a non-canonical pair (i-motif) in titled oligonucleotides was proposed in order to explain experimental data obtained according to literature.

Česky

Acidobazické vlastnosti purinových a pyrimidinových bazí (adenin, cytosin) a příbuzných nukleosidů (adenosin, cytidin) byly studovány potenciometricky a následující disociační konstanty byly nalezeny (I = 0.1 M (NaCl), t = (25.0 +/- 0.1) st. C): adenin (pK_HL = 9.65 +/- 0.04, pK_H2L = 4.18 +/- 0.04), adenosin (pK_H2L = 3.59 +/- 0.05), cytosin (pK_H2L = 4.56 +/- 0.01), cytidin (pK_H2L = 4.16 +/- 0.02). Navíc také termodynamické parametry pro báze byly vypočteny. Acidobazické chování oligonukleotidů ((CAC)3, A3C6, C3A3C3) bylo studováno za stejných experimentálních podmínek pomocí molekulové absorpční spektroskopie. Spektrální data jako funkce pH byly analyzovány pomocí pokročilých chemometrických technik (EFA, MCR-ALS) a přítomnost částice obsahující (C-C+) nekanonický pár (i-motiv) v uvedených oligonukleotidech byl navržen, aby bylo možné vysvětlit experimentální data ve shodě s údaji uvedenými v literatuře.

Návaznosti

LC06035, projekt VaV
Název: Centrum biofyzikální chemie, bioelektrochemie a bioanalýzy. Nové nástroje pro genomiku, proteomiku a biomedicínu.
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Centrum biofyzikální chemie, bioelektrochemie a bioanalýzy. Nové nástroje pro genomiku, proteomiku a biomedicínu
Zobrazeno: 19. 11. 2024 12:35