Detailed Information on Publication Record
2009
The study on Fnr-type transcription regulators functions in bacterium Paracoccus denitrificans using proteomics, transcriptomics and bioinformatics tools
BOUCHAL, Pavel, Iva STRUHÁROVÁ, Eva BUDINSKÁ, Ondrej ŠEDO, Tereza VYHLÍDALOVÁ et. al.Basic information
Original name
The study on Fnr-type transcription regulators functions in bacterium Paracoccus denitrificans using proteomics, transcriptomics and bioinformatics tools
Name in Czech
Studium funkce transkripčních regulátorů Fnr typu u bakterie Paracoccus denitrificans pomocí proteomických, transcriptomických and bioinformatických nástrojů
Authors
BOUCHAL, Pavel, Iva STRUHÁROVÁ, Eva BUDINSKÁ, Ondrej ŠEDO, Tereza VYHLÍDALOVÁ, Zbyněk ZDRÁHAL, Rob VAN SPANNING and Igor KUČERA
Edition
FEBS JOURNAL. Conference Information: 34th Congress of the Federation-of-European-Biochemical-Societies, 2009
Other information
Language
English
Type of outcome
Konferenční abstrakt
Field of Study
10600 1.6 Biological sciences
Country of publisher
Czech Republic
Confidentiality degree
není předmětem státního či obchodního tajemství
Impact factor
Impact factor: 3.042
Organization unit
Faculty of Science
ISSN
Keywords in English
proteome Paracoccus denitrificans transcription regulators
Změněno: 29/4/2011 11:44, doc. Mgr. Pavel Bouchal, Ph.D.
V originále
Paracoccus denitrificans is a facultatively autotrophic soil bacterium which responds to decreasing level of oxygen in the environment by a switch from aerobic to anaerobic (denitrifying) growth mode. In our work, we analyzed roles of transcription regulators FnrP, NNR and NarR (with described key roles as sensors for oxygen, nitrite and nitric oxide) using proteomic, transcriptomic and bioinformatics tools to consider their roles in the adaptation processes at global level. Protein compositions of four P. denitrificans strains (wild type, FnrP-, NNR- and NarR- mutants grown aerobically, semiaerobically and semiaerobically with nitrate) were analyzed using set of 36 large format 2-D PAGE gels, their statistical evaluation and MS/MS protein identification of more than 500 proteins. Expression differences of key up-/down-regulated gene products were validated using qRT-PCR. Comparative proteomic analysis revealed differences between strains in the key proteins involved in denitrification (nitrate reductase, nitrite reductase, nitrous oxide reductase) and OmpW and UspA proteins. These findings are in agreement with previously published data and confirmed the positions of proposed fnr binding sites in their promoters. Detection of additional group of up-/down- regulated proteins (without fnr-binding sites in their promoters) indicates involvement of additional regulatory mechanisms into the adaptation processes studied. Evidences for potential roles of transcription regulators of other families than Fnr are discussed.
In Czech
Paracoccus denitrificans je fakultativně autotropní půdní bakterie, která reaguje na snižující se hladinu kyslíku v prostředí přechodem z aerobního do anaerobního růstového módu. V naší práci jsme analyzovali úlohu tří transkripčních regulátorů FNR-typu (FnrP, NNR a NarR), u nichž byly popsány funkce senzorů pro kyslík, dusitan a oxid dusnatý pomocí proteomických, transkriptomických a bioinformatických nástrojů k popisu jejich rolí na globální úrovni v adaptačních procesech. Proteinové složení čtyř kmenů P. denitrificans (divoký kmen a FnrP-, NNR- and NarR- mutanti) rostlých aerobně, semiaerobně a semiaerobně s dusičnanem bylo analyzováno pomocí souboru 36 dvoudimenzionálních gelů, jejich statistického vyhodnocení a identifikace více než 500 proteinů. Změny v expresi klíčových genových produktů byly nezávisle sledovány pomocí qRT-PCR. Komparativní proteomová analýza potvrdila kromě dalších výsledků změny v expresi tří denitrifikačních enzymů (nitrát reduktasy, nitrit reduktasy a reduktasy oxidu dusného), proteinů OmpW a UspA. Tyto nálezy jsou v souladu se známými mechanismy, a/nebo potvrdily pozice známých FNR-boxů v promotorech kódujících genů. Detekce dalších skupin regulovaných proteinů (SDR dehydrogenasy, TonB receptory) poukazuje na zapojení dalších regulačních mechansimů do studovanch adaptačních procesů. Byly diskutovány důkazy pro potenciální zapojení transkripčních regulátorů dalších skupin (LysR, MarR and two-component system regulators). Práce byla podpořeba projekty Grantové agentury ČR (grant No. 203/07/P0471) Ministerstva školství ČR (grant No. MSM0021622413).
Links
| GP203/07/P471, research and development project |
| ||
| MSM0021622413, plan (intention) |
|