Effects of Restrained Sampling Space and Nonplanar Amino Groups on Free-Energy Predictions for RNA with Imino and Sheared Tandem GA Base Pairs Flanked by GC, CG, iGiC or iCIG Base Pairs

YILDIRIM, Ilyas, Harry STERN, Jiří ŠPONER, Naděžda ŠPAČKOVÁ a Douglas TURNER. Effects of Restrained Sampling Space and Nonplanar Amino Groups on Free-Energy Predictions for RNA with Imino and Sheared Tandem GA Base Pairs Flanked by GC, CG, iGiC or iCIG Base Pairs. Journal of Chemical Theory and Computation. 2009, roč. 5, č. 8, s. 2088–2100. ISSN 1549-9618.

Základní údaje

• Originální název: Effects of Restrained Sampling Space and Nonplanar Amino Groups on Free-Energy Predictions for RNA with Imino and Sheared Tandem GA Base Pairs Flanked by GC, CG, iGiC or iCIG Base Pairs
• Název česky: Efekt omezeného sámplování a neplanárních aminoskupin na volnou energii predikcí pro RNA s imino a (sheared) hromadnými páry bází GA obklopenými páry GC, CG, iGiC nebo iCiG.
• Autoři: YILDIRIM, Ilyas (840 Spojené státy), Harry STERN (840 Spojené státy), Jiří ŠPONER (203 Česká republika, garant), Naděžda ŠPAČKOVÁ (203 Česká republika) a Douglas TURNER (840 Spojené státy).
• Vydání: Journal of Chemical Theory and Computation, 2009, 1549-9618.

Další údaje

• Originální jazyk: angličtina
• Typ výsledku: Článek v odborném periodiku
• Obor: 10610 Biophysics
• Stát vydavatele: Česká republika
• Utajení: není předmětem státního či obchodního tajemství
• Impakt faktor: Impact factor: 4.804
• Kód RIV: RIV/00216224:14310/09:00038051
• Organizační jednotka: Přírodovědecká fakulta
• UT WoS: 000268720100013
• Klíčová slova anglicky: base pairs; NMR; amber force field

Anotace

Guanine-adenine (GA) base pairs play important roles in determining the structure, dynamics, and stability of RNA. Calculations reported here test the thermodynamic integration (TI) approach with the amber99 force field by comparing computational predictions of free energy differences with the free energy differences expected on the basis of NMR determined structures of the RNA motifs.

Anotace česky

Guanino adeninové páry bází hrají důležitou roli při určení struktury, dynamiky a stability RNA. Předložené výpočty testují přístup termodynamické interagrace se silovým polem amber99 srovnáním vypočtených předpovědí rozdílů volných energií s rozdíly volných energií očekávaných na základě struktur RNA motivů určených pomocí NMR.

Návaznosti

• LC06030, projekt VaV: Název: Biomolekulární centrum

Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Biomolekulární centrum