D 2009

Srovnání genomů původců yaws s genomem kmene Nichols, původcem syfilis.

ZOBANÍKOVÁ, Marie, Darina ČEJKOVÁ, Michal STROUHAL, Petra MATĚJKOVÁ POSPÍŠILOVÁ, David ŠMAJS et. al.

Basic information

Original name

Srovnání genomů původců yaws s genomem kmene Nichols, původcem syfilis.

Name (in English)

Comparison of genomes of strains causing yaws with the genome of strain Nichols, the causative agent of syphilis.

Authors

ZOBANÍKOVÁ, Marie, Darina ČEJKOVÁ, Michal STROUHAL, Petra MATĚJKOVÁ POSPÍŠILOVÁ, David ŠMAJS and Weinstock GEORGE M.

Edition

1. vyd. Brno, XIII. Setkání biochemiků a molekulárních biologů. Sborník příspěvků. p. 105-105, 2009

Publisher

Masarykova univerzita

Other information

Language

Czech

Type of outcome

Stať ve sborníku

Field of Study

Genetics and molecular biology

Country of publisher

Czech Republic

Confidentiality degree

není předmětem státního či obchodního tajemství

Organization unit

Faculty of Medicine

ISBN

978-80-210-4830-0

Keywords (in Czech)

syfilis; yaws; Treponema pallidum subsp. pertenue; Treponema pallidum subsp. pallidum

Keywords in English

syphilis; yaws; Treponema pallidum subsp. pertenue; Treponema pallidum subsp. pallidum
Změněno: 24/2/2010 15:28, Mgr. Marie Zobaníková, Ph.D.

Abstract

ORIG EN

V originále

Tři celogenomové sekvenační techniky byly použity pro sekvencování genomů kmenů Samoa D (1 139 330 bp), Gauthier (1 139 441 bp) a CDC-2 (1 139 744 bp) bakterie Treponema pallidum subsp. pertenue, původce yaws. Délka publikovaného genomu původce syfilis kmene Nichols je 1 138 011 bp. U kmene Samoa D byly navrženy otevřené čtecí rámce a anotovány geny s minimálním počtem 49 aminokyselin. Navržené ORFs (1088) byly porovnány s ORFs kmene Nichols (1039), pro 90 ORFs (hypotetických genů kmene Nichols) byla předpovězena funkce. Byly identifikovány 3 % ORFs s více než 10 aminokyselinovými (aa) změnami nebo indely, které by mohly mít vliv na rozdílnou klinickou manifestaci yaws a syfilis, např. geny TP0133, TP0304, TP0462-463, TP0544, TP0577, TP0619, TP0651, TP0668, TP0968 lišící se mezi kmeny SamoaD a Nichols, ale identické na úrovni pertenue kmenů. Dále bylo identifikováno: 56 % ORFs identických u obou kmenů, 15 % lišících se délkou, 1 % ORFs má změnu čtecího rámce a 24 % ORFs má méně než 10 rozdílných aa.

In English

Three whole genome sequencing methods were used for genome sequencing of strains Samoa D (1 139 330 bp), CDC-2 (1 139 744 bp) and Gauthier (1 139 441 bp ) of T. pallidum ssp. pertenue, the causative agent of yaws. The previously reported size of the Nichols genome was 1 138 011 bp (1039 ORFs). The minimal gene length of genes predicted in SamoaD genome was set to 49 aminoacids of correspondnig proteins (altogether, 1088 ORFs were predicted). Possible function was predicted for 90 genes with previously unknown function (in the Nichols genome). It was discovered that more than 3% of the ORFs have significant differences, e. g. genes TP0133, TP0304, TP0462-463, TP0544, TP0577, TP0619, TP0651, TP0668, TP0968. These genes are likely to be involved in different pathogenicity of ssp. pallidum and ssp. pertenue strains. Next more than a half (56%) of the genes code for identical proteins in both strains, 15% of ORFs differ in length, 1% of ORFs have frameshift mutations.

Links

GA310/07/0321, research and development project
Name: Komparativní genomové sekvencování patogenních treponem a transkriptomová analýza T. pallidum ssp. pallidum
Investor: Czech Science Foundation
MSM0021622415, plan (intention)
Name: Molekulární podstata buněčných a tkáňových regulací
Investor: Ministry of Education, Youth and Sports of the CR, Molecular basis of cell and tissue regulations
NR8967, research and development project
Name: Molekulární typizace kmenů a izolátů Treponema pallidum subsp. pallidum: základ pro epidemiologickou a klinickou identifikaci jednotlivých kmenů
Investor: Ministry of Health of the CR